这篇文章仍然来自几篇文章及自己平时的积累，主要阐述关键基因和hub基因。很多人误以为hub基因就是关键基因，甚至有人认为差异表达基因就是关键基因。在正式看本文章之前，我先以个人理解的角度简单的来说明这三者之间的关系，不同见解的请留言。
好了，开始正文吧
这里可以看出，hub基因是是在无尺度共表达网络中存在的，对应着degree，也就是说在GCN中。现存的方法主要关注hub基因的鉴定，基于的就是GCN中的连接度，这些技术只是凭经验选择，并没有统计学标准。另外，在文献中很少有方法发现来鉴定无尺度网络的中hub nodes。
所以作者提出了一个算法，并写了一个包，对hub gene提供p值，可以根据p值标准来减少hub gene数目。
包在这里
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Central complex members have a low betweenness and are hub–nonbottlenecks. 中心复合体成员 低betweenness，属于hub-nonbottlenecks.
Hub-bottlenecks倾向于对应那些高中心性蛋白，连接几个复合体，或者是中心复合体的周边成员，他们有高betweenness的事实显示这些蛋白不是简单的大的蛋白复合体的成员（nonbottleneck-hubs的特点），而是把这个复合体和网络中其他部分连接起来，一定意义上说，是真正的连接度瓶颈。
另外，一旦hub被移走，hub-bottlenecks是破坏网络最有效的节点。这和Han的hub概念非常接近：hub-bottlenecks倾向于是date-hubs，hub-nonbottlenecks倾向于party-hubs（hans的文章看了就明白，datehubs更容易是大架构的组织者维持者，是大老板）。（han的这个观点发表在nature上，下面是han的观点）
非hub但瓶颈通常比那些非hub非瓶颈蛋白和他们的邻居共表达更少，符合这个观察：betweenness是和邻接蛋白平均相关性的指标,非hub但瓶颈蛋白很少是复合体成员，并且大部分都是调节蛋白和信号转到machinery。
不管是生物还是非生物，只要是无尺度网络，都对随机的node移除有抵抗能力，但是对hubs的移除非常敏感。
大概就是酵母做了个实验，移除敲除编码hub蛋白的基因，比非hub的死亡率大3倍,我们发现了两类hub：party hubs党派型，同时和partners的大部分相互作用。Date hubs约会型，不同的时间或位置结合不同的partners。
这样，酵母中的相互作用网络的hub基于他们的partners‘表达谱，可以分为两类：date和party hubs。这种区分揭示了酵母蛋白组组织模块的模型，通过regulators，mediators或adaptors连接模块，这就是date hubs。Party hubs代表不同的模块内部的必须的成分，对这这些模块介导的功能很重要（因此倾向于是必须蛋白），倾向于在蛋白组的组织上低水平工作。（大概意思是date hubs是大boss，沟通衔接，而party hubs是模块内部的小老板）。我们提出，date hubs在整个蛋白组网络中生物模块的总体组织中是必须的，参与的是大范围的整合连接（虽然一些date hub可以简单的共享，并且调节模块内或跨模块的局部功能）。这种相互作用网络的关键特点，比如对抗外界环境的遗传稳定性和弹性，使用这样的模块组织方式作为框架就更好理解了。
因此，所谓的date-hubs是那些有高的betweeness（hub-bottlenecks）,
而party-hubs更可能是有着低betweeness的hubs（hub-nonbottlenecks）
这个发现，或许表明了相互作用网络中动态和拓扑特性之间的联系，而这迄今为止是人类未知的。
作者相信，虽然先有不好实现的地方，但是betweenness将来会被证明是一个非常有用的工具对很多蛋白昂立来说，尤其是有方向的edges（调控网络）。
总之，我们提供了两种互补的拓扑网络特性的整合分析，这适合于不同的网络类型。这种整合的方法解释了先前不为人知的网络拓扑性质之间的联系，蛋白质必要性和表达动态。我们相信，这种整合的方法就像现在提出的这种，会对将来的预测模型至为重要。