按照中国地质调查局的要求，使用MapGIS软件系统编制地质图，需按以下步骤操作：
（一）地理底图的准备
地质图件一般都是在高质量地理底图的基础上添加相应的专题内容而成。地理底图的准备，包括扫描原图和矢量化两步。
1.扫描原图
通过扫描仪直接扫描原图，将扫描图以栅格形式存贮于图象文件中（如TIF格式）。在进行扫描时，要调整好扫描仪的扫描参数，以提高扫描精度。
2.矢量化
首先，打开MapGIS的图形编辑模块，将扫描好的栅格图象调入，如果扫描的图形文件不能打开，说明数据格式不对，可用“多源图像处理分析系统（MsiProc）”转换为MapGIS专用格式，或用图形编辑软件（如Photoshop）转换为TIF 格式。然后，利用MapGIS提供的智能扫描矢量化子系统进行矢量化。
需要说明的是：在开始矢量化以前，要通过认真读图，了解整个图形要素与结构，参考地质制图的行业及国家标准，根据一定的目的和分类指标，做好图层字典的设计工作，对图形要素进行分类，每一类作为一个图层，并对每一个图层赋一个图层名，便于以后对图形进行编辑和检索，并可根据需要制作专题图。根据地质图件的地图要素，将图形要素分别存放于点文件（*.WT）、线文件（*.WL）、区文件（*.WP）三类文件中，使不同的图形实体存放在不同的图层上，便于以后的利用。例如，在地理底图矢量化时，将地形等高线、河流、公路，铁路、村镇、建筑物等要素存放在不同的图层上。另外，要将地理底图上的坐标网单独存放在一个图层上，为后续的图形校正提供数据点。
图件矢量化后，就要进行图形的编辑处理工作。MapGIS编辑子系统提供了对点、线、面三种图元空间数据和图形属性编辑的功能。包括图形编辑功能、拓扑分析功能、图形存取功能及错误检查功能。图形编辑功能用来编辑修改矢量结构的点、线、面三种图元，进行删除、移动、复制、连接、光滑、剪断，填充颜色、花纹图案修改等；拓扑分析功能使搜区、检查、造区更加快速、方便、简捷；图形存取功能是将不同的地质要素置于不同图层中，便于编辑、修改、调用和管理；错误检查功能是检查数据错误、错误类型及出错的图元，从而提高数据质量。
（二）图形校正
由于原图图纸变形和扫描时存在一定的系统误差，以及在矢量化时受操作人员的技能和采校点密度等因素影响，矢量化后的图形数据会产生一定误差。所以，矢量化后的图形数据必须经过编辑处理和数据校正（利用系统提供的误差校正），消除输入图形的变形，才能满足实际要求。
（三）地质要素及其他专题要素的绘制
在地理底图准备好后，在其上绘制相应的地质要素及其他专题要素，如各种地质界线，地层分界线，断层线、岩体界线等。专题要素，如绘制井上、井下对照图，可在地理底图基础上添绘井巷工程、钻探工程、回采工作面等要素。各种要素的绘制可利用系统提供的点、线、面生成和编辑功能来完成。在绘制时，可根据实际需要来扩充系统的子图库、线型库和图案库，用户亦可建立自己的子图库、线型库和图案库。值得一提的是，用系统本身提供的图形处理功能可以完成各种专题图的绘制工作，但效率较低。MapGIS作为软件平台，提供了丰富的二次开发函数及类库，大大方便了用户的二次开发。用户可开发一些专用的绘图模块，如巷道自动生成、钻孔自动绘制、自动填充采空区等，以提高工作效率。另外，如果用户已用其他系统开发了一些地质绘图软件，也可将输出的图形文件改为MapGIS可识别的明码格式数据，就可由MapGIS系统读入，形成MapGIS格式的图形文件。另外MapGIS可接受AutoCAD、Arc/Info、MapInfo等软件制作的地质图件数据并将其转换成本系统内部的矢量结构，使地质制图更加灵活、便捷。
（四）属性编辑
MapGIS的最大优越性就在于空间数据和属性数据的统一存储和管理，从而为地质信息的管理提供方便。要达到图形数据和非图形数据的统一存储和管理，就须进行属性编辑工作。属性编辑采用系统提供的属性管理子系统来完成。MapGIS属性管理子系统专门用于定义矢量数据的属性结构，并且进行可视化编辑。它还提供了强有力的多媒体属性库创建、编辑工具。一般地，属性编辑在空间数据编辑之后进行，在建立数据库之前完成，当然，在属性管理子系统确定了属性结构之后，用户也可以在MapGIS编辑系统中一边修改图形一边编辑图元属性。在MapGIS系统中包含点、线、区、网、表五类文件，而区域包括弧段和区两种实体数据，相应地属性可分为点属性、线属性、区属性、弧段属性和结点属性五种。
（五）图形输出
图形输出通过MapGIS输出系统来完成，是MapGIS系统的主要输出手段，读取MapGIS的各种输出数据，进行版面编辑处理、排版，进行图形的整饰，最终形成各种格式的图形文件，并驱动各种输出设备，完成MapGIS的输出工作。MapGIS提供了三种图形输出方式：Windows输出、MapGIS光栅输出和Postscript输出。其中以MapGlS光栅输出使用较多，即先对图形进行分色光栅化，形成可供输出的分色光栅文件（*.NVL），再在打印机上进行输出。这种输出方式适合复杂、幅度较大的图形输出，解决了windows输出的局限性，提高了图形输出的效果与速度。