《内经》对人体认知活动过程的认识较为深入，其中以《灵枢·本神》最为详细，其云：「所以任物者谓之心，心有所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。」下面结合《内经》原文叙述如下。
「所以任物者谓之心」：任，担当、接受之意。任物，是指心（神）接受外物的 *** 或信息，担任认识与分析，并作出反应。此「心」即「神明之心」。由于「心」感知、接受外界的信息，是接受外界信息的总汇，形成各种形象的、感性的认识，因此，是思维活动的起点和基础，兼有意识类活动的主宰和思维活动的起点的双重作用。
「心有所忆谓之意」：张介宾注：「忆，思忆也。谓一念之生，心有所想而未定者，曰意。」因此，意包括思忆和意念两种含义。意为心经过接受事物的信息，并与以前的记忆、经验一起综合分析，从而产生了某种思想萌芽，但尚未肯定的思维活动。
「意之所存谓之志」：存，定也，留也。志，按《荀子·解蔽》「人生而有知，知而有志。志也者，藏也」。「志」当指记忆，记忆意味着藏。由于意有记忆的含义，如果将「意」理解为人的短期记忆，则「志」所表达的是属于人的长期记忆。同时，张介宾《类经·藏象》「意已决而卓有所立者，曰志」。而《灵枢·本神》将「志」表述为「意之所存谓之志」，即是一种决定了的意向，并能存之内心，坚定不移。因此，「志」有两方面的含义：一是表示长期记忆；一是表示志向。现代心理学将「意志」相连，既表达了形象的、感性的意识转化为短期记忆、长期记忆的过程，又表达了思维活动的一种指向性和持续性，即意志决定着初级的认知活动中，哪些可以储存，哪些可以舍弃，是属于认知活动的高级阶段，并为人类所独有。《内经》对「意志」是用「志意」来表达，但其含义是一致的。「志意」对所有的精神活动均可产生影响，正如《灵枢·本脏》所说：「志意者，所以御精神，收魂魄，适寒温，和喜怒者也。」又说：「志意和则精神专直，魂魄不散，悔怒不起，五脏不受邪矣。」强调其不仅影响、控制人的注意力，而且影响人的本体意识、情绪等精神活动，甚至将「志意」作为高级精神活动的代名词，认为其可以主宰人的形体等活动。如《素问·五脏别论篇》云：「凡治病必察其下，适其脉，观其志意，与其病也。」《素问·汤液醪醴论篇》言「精神不进，志意不治，故病不可愈」等，均是此意。
「因志而存变谓之思」：变，改变，变更。嗯，思考。为达到目的，要反复思考，调整和变更行动的计划和方法，这个过程需要「思」。「存变」是对原有的思维、认识的反复计度、权衡。
「因思而远慕谓之虑」：虑，即谋虑、顾虑。张介宾注：「深思远谋，必生忧疑，故曰虑」，指对事物进行多方分析，深思远虑，即有远见之谓。思、虑的含义在《内经》中有所不同。一方面，《灵枢·本神》言「因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑。」「存变」是对原有的思维、认识的反复计度、权衡，「远慕」则是展开的由此及彼的联想、推测，杨上善《太素》谓：「专存之志，变转异求，谓之思也。变求之思，逆慕将来，谓之虑也。」可以认为思、虑是在早期形象思维的基础上，所形成的抽像思维活动。因此，认为思、虑是作为一种思维活动，是以意、志为主体，在有意、志的基础上，围绕意、志展开，因此，思、虑之于意、志具有从属性，其指向和存在的状态受意、志的控制，同时又是思维活动的进一步深化，是属于认知活动更高级的阶段，张介宾《类经》注：「因志而存变，谓意志虽定，而复有反复计度者，曰思…深思远谋，必生忧疑，故曰虑」。另一方面，思、虑又有属于情绪范畴的含义，如《素问·举痛论》认为「思则气结」，《素问·阴阳应像大论》认为「思伤脾，怒胜思」，《灵枢·本神》亦言：「是故怵惕思虑者则伤神，神伤则恐惧。」将思虑与喜、怒、悲、忧并列，认为它是人体七情之一。
「因虑而处物谓之智」：智，智慧。因对未来已经作了周密思考，各种利弊得失均已考虑在心，因此，付诸行动时便能做到有备而来，成功的可能性便很大，从而显出智慧。本篇虽然将智与心、意、志、思、虑一系列思维活动相并列，但「智」却并非严格意义上的思维活动，它是指人在具备完整、缜密的一系列思维活动之后所达到的一种处理事物的最佳状态，是人在进行一系列完整的思维活动之后将个人的认知反馈于外界的过程，正如杨上善《太素》谓：「智，亦神之用，因虑所知，处物是非，谓之智也。」一般情况下，「智」并非人人皆可达到，张介宾谓：「疑虑既生，而处得其善，曰智」，因此，在《内经》中，「智」多是智慧、睿智的代称，并不属于思维活动。如《素问？阴阳应像大论》云：「智者察同，愚者察异，愚者不足，智者有余。」《灵枢·本神》谓「故智者之养生也，必顺四时而适寒暑，和喜怒而安居处，节阴阳而调刚柔。」
综上，《内经》认为，人的认知活动统领于心，实则这也正是中医「心主神明」理论的一个反映。其认知活动的过程是：心接受外物的 *** ，进行识别、记忆、分析；将事物的信息，与以前的记忆、经验一起综合，从而产生某种意念；意念确定谓志；有了既定目标，又于变中推求、分析思考为思；深思远虑、综合比较为虑；结论已定，达到最佳的处理事物的状态为智。对外界事物有正确的感知和分析，并进行正确的处理，是人类异于动物而进入文明社会的标志，而其中意志有主动控制精神活动、适应外界环境、调节脏腑生理的作用，它对于脏腑精气的这种反作用为人类所特有。《内经》的这种认识，为中医调心摄神养生与防治疾病提供了理论依据，也对临床诊断治疗心身疾病，以及中医心理学研究与发展有重要的指导价值。