关于南极长生大帝的出身，有两种不同的传说。首先，有人认为他是元始天王的长子。据《高上神雷玉清真王紫书大法·序》记载，元始天王在宇宙初成之前，作为昊莽溟律大梵之祖，孕育于混沌之中，创立天地。他分化元炁，创造出乾坤，后来在玉京上山下游遇到了太玄玉极元景自然九天上玄玉清神母，共同修习上清大洞雌雄三一混化之道，从而诞下了包括南极长生大帝在内的八子。南极长生大帝拥有多个尊号，如九龙扶桑日宫大帝和高上神霄玉清王，被视为圣人之一，他关心众生疾苦，用神通力拯救众生，最终通过恳求元始上帝，获得了《神霄真王秘法》的传授。
另一种说法认为南极长生大帝是元始天王的第九子，这在道经《高上九霄玉清大梵紫微玄都雷霆玉经》中有明确记载，他专掌九霄三十六天，是众多天尊的领导者。《高上神雷玉清真王紫书大法》卷一详细列举了南极长生大帝的神职，他担任高上神雷玉清王，同时还有太阳九炁玉贤君和玉清保仙王的职位，名讳棍洞，字曜华。卷中还提及他作为第一子，担任神霄玉清天王，遥领扶桑太阳九炁神君的职务。
南极长生大帝，又名玉清真王，为元始天王九子。传说经常供奉这位仙神，可以使人健康长寿，这位仙神就是南极仙翁。南极仙翁，又称南极真君、长生大帝，因为他主寿，所以又叫“寿星”或“老人星”。