对恐同的起因还在广泛的争论当中,但人们基本上支持恐同的信念和态度是与恐同者自身的性取向没有关系的。
生育本能说被认为是恐同最本质的来源。对于父母,孩子如果是同性恋,这将会打破生物繁衍的链条,成为对本家族继续繁衍的潜在威胁。除了宗教,有种观念认为,人在死后其生命会和谐的在其孩子以及孩子的孩子身体里和谐延续,而同性恋是在破坏着这样一种和谐。
一些性理论家解释道,男同性恋间的关系通常比女同性恋间的关系更让人产生强烈的反感,因为恐同者认为他们的利益受到了同性恋关系的威胁。同性恋关系一般被认为是对传统性别角色的挑战,是一种对“性别角色的越界”。而对“性别角色越界”的惧怕是恐同症另一个最主要的来源。研究报告指出大多数恐同者对于性别角色有着非常刻板的思想,比如“男性至上主义”。在西方国家,恐同者害怕同性恋将造成家庭、社会组织结构的瓦解;再者,多数男性害怕传统性别角色的颠覆将使他们失去原有的利益、优势地位和特权,导致恐同症在男性和女性社会化的过程中被强化。在西方传统文化里,男性已经被惯养出性别优越的观念,即对弱势女性的支配,而这一观念已经深入到社会生活的每一个层面。当男性发现有传统所赋予他们的特权被挑战的时候,实行“性别角色越界”的男女同性恋则被他们视为是对其切身利益的威胁。
一些组织或个人声明对同性恋的反对,或积极反对,因为他们的宗教原则。这种原则鼓吹者通常会对针对同性恋的暴力事件进行谴责,但是在对待同性恋法律地位方面则表现出多种多样的立场。一些人相信这种态度鼓励的恐同者。请参看宗教和同性恋。
一些法律已经鼓励或合法化恐同者,例如在鸡奸法、28条以及区别对待同性恋和异性恋的自愿年龄。