2002年9月，教育部与卫生部共同签署协议，将中国协和医科大学与清华大学紧密合作，成立“清华大学北京协和医学院”。这一举措使协和医科大学进入了“211”和“985”工程建设项目。然而，这个名称并未正式注册或使用，只是协议文件中的历史产物。
2006年9月，根据两校的合作协议，中国协和医科大学更名为北京协和医学院（清华大学医学部），英文名为Peking Union Medical College, Tsinghua University。尽管如此，这个名称同样未被正式注册。在2007年的协议中，协和医科大学正式改名为“北京协和医学院”，并与清华大学保持紧密合作办学，但两校并未合并。
北京协和医学院与清华大学医学部之间的关系是合作关系，而非隶属关系。协和医学院的临床专业与清华大学合作，而护理专业、附属医院和临床教学基地则属于协和医学院独立管理。清华大学医学院则拥有自己的药学专业、附属医院和教学基地。
在学历证书方面，临床医学专业的学生和研究生毕业证书会同时盖有“清华大学”和“北京协和医学院-清华大学医学部”的公章，而非临床医学专业的则仅盖协和医学院的公章。清华大学医学院的非临床医学学生的证书则仅盖清华大学的公章。
清华大学医学部前身清华大学医学院成立于 2001 年 10 月 25 日 ，首任院长由我国著名医学科学家、两院院士吴阶平教授担任。后与中国协和医科大学合作办学，，有时使用"北京协和医学院-清华大学医学部"的名称。