重磅干货(二):关于外显子测序的那些疑问

如题所述

第1个回答  2022-07-30

外显子组(Exome)是一个物种基因组中全部外显子区域的总和,是遗传物质中编码蛋白质的DNA序列,占整个基因组的1%-2%。外显子组分析有助检测出和疾病相关的编码区突变,从而研究DNA变异对正常生物学机制与疾病发病机制的影响。

外显子测序已经在多种单基因遗传病研究、多基因遗传病研究、肿瘤研究及产前诊断中得到了应用。实验方面作为其中重要的一个环节,对数据以及后续的分析有着极为关键的影响,对此我们特邀实验专家给大家讲讲那些实验上的事儿~

外显子测序目前常用的平台之一为Agilent SureSelect Human All Exon V6捕获平台,该平台捕获率高,基本可达到70%以上。 如果出现捕获特异性低于70%,从实验环节考虑,有可能是以下几个方面导致:
(1)插入片段偏大,文库之间部分杂交,导致含有部分非目的片段的序列被捕获。外显子平均长度160bp,文库最好在200-500bp,使得目标外显子序列覆盖范围大,邻近内含子区域测序最少。
(2)杂交投入量过高,影响捕获的最佳动力学状态,同时也会影响封闭的效率。
(3)杂交和洗杂交的操作严谨性,合适的盐浓度和漂洗温度可保证获得稳定的捕获效率。

目前评价覆盖均一度的指标主要有Fold80,或不同深度下的覆盖率。 影响覆盖均一度的因素主要有以下几点:
1. 芯片设计
不同厂家的芯片设计原理不同,芯片设计的均一性直接影响目标区域的覆盖均一度指标。可通过标准品测试不同厂家芯片的覆盖度均一性。
2. 样本质量
a.样本完整度,ffpe样本大多存在降解,血液和新鲜组织样本完整度会较高。b.样本纯度,主要看是否有RNA、蛋白质、糖分的污染。c.样本总量,我们对于建库的DNA起始投入量是有要求的,一般200ng。血液和新鲜组织提取出的DNA量通常情况下都足够。
3. PCR效率
PCR效率可能会改变不同区域文库的比例,但是通常这部分影响不大,只有当文库发生极为显著的不均一扩增时,才会影响覆盖度和均一性。

近期我们会不定期推出各类产品常见问题,希望能帮助大家解决各种疑难杂症,请大家拭目以待!

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