计算公式
预付的工程款必须在合同中约定扣回方式，常用的扣回方式：
（1）在承包人完成累计金额达到合同总价一定比例（双方合同约定）后，采用等比率或等额扣款的方式分期抵扣。也可针对工程实际情况具体处理，如有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还；有些工期较长，如跨年度工程，其预付款的占用时间很长，根据需要可以少扣或不扣。
（2）从未完施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次中间结算工程价款中，按材料及构件比重抵扣工程预付款，至竣工之前全部扣清。其中，起扣点的计算公式如下：
T=P-M/N
式中T——起扣点，即工程预付备料款开始扣回时的累计已完成工程价值；
M——工程预付款数额；
N——主要材料及构件所占比重；
P——承包工程合同总额。
预付款数额的约定
按照我国的法律法规规定，预付款的比例为合同金额的10%~30%，在订立合同时不应超出此范围。
《建设工程价款结算暂行办法》第十二条的规定：“包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%，对重大工程项目，按年度工程计划逐年预付。计价执行《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500—2003）的工程，实体性消耗和非实体性消耗部分应在合同中分别约定预付款比例。”
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