办公室（人事教育科、行政审批服务科）
综合协调机关政务工作；制订机关工作制度，协调、督促各科室业务工作；组织开展综合性政策调研；负责文电、会务、机要、档案、宣传、信访、保卫及其他机关行政事务管理工作。承担局机关和直属单位人事编制管理工作，协调和指导开展本系统专业技术人员的职称评聘和表彰等工作；负责机关党务、外事、老干部服务管理等工作。
负责市卫生局所有审批项目的受理审批工作。
医政与医疗服务监管科（中医科、科技教育科）
监督实施全市医疗技术人员执业标准、医疗机构管理规定和服务标准；负责各级各类医疗机构的业务技术指导和市直医疗机构业务管理工作；监督医疗机构的医疗和服务质量，依法监督管理中心血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量；负责医疗机构、卫生技术人员执业许可的审核、审批工作；组织实施对突发性公共卫生事件、重大人员伤亡事件以及重大自然灾害、恐怖、中毒事件及核和辐射事故等突发事件的紧急医疗救援；承担征兵体检、卫生支农、残疾人康复和防盲活动的组织工作，协助开展卫生扶贫工作；负责医疗机构医疗服务监管工作，贯彻实施医疗机构医疗服务监管办法、实施方案等；会同有关部门负责全市医疗机构医德医风建设与考评；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，承担推进公立医院管理体制改革；负责医疗纠纷与医疗事故的处理工作；制订全市中医发展规划和工作计划，负责全市中医院和综合性医院中医科的宏观管理；拟订医学科技、教育发展规划和工作计划并组织实施，组织学术交流和科技成果推广应用；指导卫生学校的教育管理工作。
妇幼与社区卫生科
拟定全市妇幼保健、社区卫生、健康教育工作规划、目标和策略并组织实施；贯彻落实母婴保健法律法规和两个《纲要》，依法对母婴保健机构进行管理、监督和指导；指导、监督母婴保健专项技术和医疗卫生机构计划生育技术的实施；掌握全市妇女儿童健康状况及发展趋势，组织进行对严重危害妇女、儿童健康疾病的预防和治疗;组织开展妇幼保健、生殖健康等方面的社会动员与健康教育，并负责信息管理；指导妇幼保健机构的建设工作，协助做好妇幼卫生项目的管理；指导社区卫生服务体系建设、社区卫生服务机构建设与管理，对社区卫生服务工作实施宏观管理与监督；做好社区卫生人才培养、社区卫生宣传教育、社区卫生信息管理等工作；综合协调全市健康教育和健康促进工作。
疾病预防控制与农村卫生科
拟订传染病、地方病、职业病、慢性非传染性疾病及其它严重危害人体健康疾病的防治规划和措施，并检查督促实施；负责全市卫生防病机构的业务技术指导，开展疾病监督监测工作；遇有自然灾害和重大疫情，组织调度全市卫生技术力量采取措施控制疾病的发生和蔓延；组织开展健康教育，实施儿童计划免疫。
指导全市农村卫生服务体系建设，负责农村医疗服务市场的监督与管理工作；协调、指导和评估农村初级卫生保健工作；贯彻农村医疗保障制度改革政策，负责新型农村合作医疗的综合管理工作；开展农村健康教育与健康促进活动，负责农民健康档案的管理；参与农村卫生项目的实施与管理工作；协助做好农村卫生人才培养工作，负责乡村医生相关管理工作。
承担市爱国卫生运动委员会办公室、市地方病领导小组办公室、市防治艾滋病工作委员会办公室的日常工作。
卫生监督科（政策法规科、食品安全协调科）
组织开展对放射性职业病危害评价、医疗机构放射防护、放射工作人员职业健康的卫生行政处罚工作；负责医疗机构放射诊疗许可的管理工作；组织开展对公共场所卫生的行政许可、日常监管等工作；负责对集中式供水、二次供水单位和涉及饮用水卫生安全的产品的行政许可、日常监管等工作；负责对各级各类学校的传染病防控措施、生活饮用水卫生的行政执法工作；负责对消毒产品的卫生许可、日常监管等工作；组织开展打击非法行医和非法采供血工作，整顿和规范医疗服务市场；负责督办重大卫生行政执法案件的查处工作。
贯彻落实国家、省医药卫生体制改革政策，并组织分析、评估;负责综合性卫生政策措施调研工作;负责卫生法制工作，拟订全市卫生法制建设规划;负责规范性文件的前置初审和上报备案工作;承担有关行政复议、行政应诉和监督检查;组织重大行政处罚和行政许可事项听证;指导开展全市卫生法制宣传教育工作。
负责食品安全综合协调，组织有关部门拟订食品安全管理的工作计划、工作方案并监督实施；组织拟订并上报食品安全地方标准；依法组织开展对本辖区食品安全重大事故的查处，组织协调和配合有关部门开展食品安全应急救援工作；组织开展食品安全监测、风险评估和预警工作，组织制定抽检计划及抽检经费的申报和分配；组织实施食品安全宣传教育工作，承担重大食品安全信息的统一发布；承办食品安全委员会交办的其他工作。
规划财务科
负责编制全市卫生事业发展规划，并组织实施和评价；统筹全市卫生资源的配置与管理；负责中央、省、市投资卫生基础设施的立项申报和监督管理，指导各地开展项目的组织实施与管理；负责市直医疗机构药品收支两条线的监督管理；负责局机关和直属单位的财务管理和国有资产的监督管理；负责全市卫生系统内部审计的管理和指导；承担卫生统计和信息咨询工作。
基本药物制度科
贯彻执行国家药物政策、基本药物制度和药品法典、法规等;组织拟订本市药物政策和基本药物的有关政策、规定并组织实施;组织开展基本药物制度实施情况的监测、评估和督查;会同有关部门提出基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策;承担医疗机构药品集中采购的组织实施和监督管理等工作。
