Ki-67是细胞增殖的一个标记，在细胞周期的G1、S、G2、M期均有表达，而在G0期则缺失，其与多种肿瘤的分化程度、侵袭、转移和预后密切相关。
PCNA，即增殖细胞核抗原，是多数腺癌表达的指标。
CEA（癌胚抗原）在多数腺癌中表达，Rb（视网膜母细胞瘤）基因是一种肿瘤抑制基因，调节细胞周期。
P53在免疫组化中通常呈突变型，其阳性率越高，预后越差。野生型P53的半衰期很短。
Nm23是一种转移抑制基因，其阳性表达与肿瘤转移呈负相关。
E-Ca，即E钙粘附蛋白，是介导细胞间粘连作用的跨膜糖蛋白，其功能的丧失会导致细胞间连接的破坏，主要用于研究肿瘤的侵袭和转移。
PS2（雌激素调节蛋白）的表达与ER（雌激素受体）表达有关，可作为内分泌治疗和预后判断的指标之一。
CK18，即低分子量角蛋白，主要标记各种单层上皮，包括腺上皮，而复层鳞状上皮通常为阴性，主要用于腺癌的诊断。
CK19，分布于单层上皮和间皮，常用于腺癌的诊断。肝细胞不表达，而胆管为阳性反应。
Hep par 1，即肝细胞抗原，正常肝细胞和高分化肝细胞癌阳性，低分化肝细胞癌多弱阳性或阴性。
CK20用于胃肠道腺癌、卵巢黏液性肿瘤、皮肤Merkel细胞癌的诊断。鳞癌、乳腺癌、肺癌、子宫内膜和卵巢非黏液性肿瘤通常为阴性。
CK7在卵巢、肺和乳腺上皮常阳性，结肠、前列腺、胃肠道上皮阴性。
Villin，即绒毛蛋白，在正常组织中，通常只表达于有刷状缘的细胞上，如胃肠道上皮细胞、胰腺和胆管上皮细胞以及肾实质的上皮细胞中（特别是近曲小管）。在胃肠道癌、胰腺癌、胆囊癌和胆管癌组织中有很高的表达率，具有明显腺样结构的肿瘤上没有Villin表达，则这个肿瘤为胃肠道、胰腺、胆囊或胆管来源的可能性极低。
乳腺癌也经常成为女性患者未知原发部位转移癌要鉴别排除的一种疾病。因为在转移癌组织上观察到明显的Villin免疫组化阳性染色，则这个肿瘤就极不可能为乳腺来源。其他Villin免疫组化染色通常为阴性表达的肿瘤还有：如卵巢浆液性癌、尿道移行细胞癌和前列腺癌。间皮瘤也经常为Villin阴性表达，因此在一些情况下Villin还可以作为鉴别间皮瘤和腺癌使用抗体的一种。
但是也有一些非胃肠道来源的肿瘤可表达Villin，如子宫内膜样腺癌、卵巢粘液性癌、肾细胞癌和小部分肺癌。也有一些专家报道Villin在部分宫颈内膜腺癌病例中表达。
肝癌的诊断：Villin免疫组化染色可以显示出毛细胆管结构，因此它也可能在表达部分肝癌的管状结构上很有用。多克隆CEA是用于此目的的第一种试剂，而且CD10（CALLA）在表达肝癌的该结构上也非常有用。多克隆CEA、Villin和CD10（CALLA）在肝癌病例上的表达，相互之间并没有任何的冲突，因此如果怀疑肝癌的可能性，建议将这三种抗体共同使用以协助疑难病例的诊断。
Villin在神经内分泌肿瘤上的应用：Villin在神经内分泌肿瘤的研究上也很有帮助。众所周知，类癌和胰腺的胰岛细胞肿瘤具有相相似的形态学特征，仅在形态学上区分这两种肿瘤几乎是不可能的。Villin在这种情况下特别消唯有用，因为据文献报道在85%的胃肠道类癌病例中有Villin的表达，但在胰岛细胞肿瘤上未见阳性表达报道。Villin在类癌上的表达通常为胞膜阳性。另外，有一些证据表明Villin在胃和下消化道的小细胞癌上的表达率比在其他部位的小细胞癌上要高。如：肺、食道、膀胱或前列腺等。据文献报道，大约有40%的肺类癌病例Villin阳性，在其他一些神经内分泌肿瘤上，如甲状腺髓样癌和少数的美克尔细胞瘤上也有Villin的表达。
MRP1，即多药耐药相关蛋白1，影响化疗敏感性，与预后相关。
MDR，即多药耐药基因。
TS，即胸苷合成酶，是5-FU重要作用靶点，如果其高表达，阳性反映++以上，提示肿瘤细胞对5FU耐药。
Syn，即突触素，是神经组织标志。S-100是神经组织标志，存在于神经组织、垂体、颈动脉体、肾上腺髓质、唾液腺、少数间叶组织，常用于神经鞘瘤、恶黑、脂肪肉瘤、软骨肿瘤诊断。
NSE主要用于神经神经内分泌肿瘤诊断。
Chr，即嗜铬素，肾上腺髓质含量很高，用于鉴别肾上腺髓质和皮质，用于神经内分泌肿瘤诊断。
CKH，即高分子角蛋白，主要标记鳞状细胞肿瘤。
CKL，即低分之角蛋白，主要标记单层上皮、腺上皮。
EMA，即上皮膜抗原，糖蛋白，广泛分布各种上皮及其肿瘤。
Vim，即波形蛋白，是间叶组织标志。
P504，即甲酰基辅酶A消旋酶，检测诊断前列腺癌的敏感性为97%，特异性为100%。
AMACR的优点在于它是癌症特异性，只存在于癌症组织。Rubin称，AMACR亦可用作其他癌症的诊断标志物。对各种癌症细胞进行检查后发现，结肠直肠癌、卵巢癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、淋巴瘤和黑素瘤都过度表达AMACR，以结肠直肠癌和前列腺癌表达最高。
CD117，即胃肠间质瘤。
CD10作为共同急性淋巴母细胞型白血病抗原，主要表达于未成熟淋巴细胞，在Burkitt淋巴癌，慢性髓性白血病等造血系统疾病的诊断中具有应用价值。近几年来发现该抗原在造血系统外的某些肿瘤中有表达，如子宫内膜间质肉瘤、恶性黑色素瘤等。抗体在对肾细胞癌进行诊断和鉴别时有一定的参考价值。
SMA，即平滑肌肌动蛋白，标记平滑肌。
CD56为神经细胞黏附分子，主要分布于大多数神经外胚层来源细胞，常用于星型细胞瘤、神经母细胞瘤、神经内分泌肿瘤诊断，也是NK细胞瘤的重要标志，也标记小细胞肺癌。
Des，即结蛋白，广泛分布于平滑肌、心肌、骨骼肌细胞和肌上皮细胞，高分化高表达、低分化低表达。
MSA，即肌特异性肌动蛋白，广泛分布于几乎所有肌型细胞中。
CD68存在于骨髓和各神经组织的巨噬细胞，用于粒细胞白血病、各种单核细胞来源肿瘤、包括恶性纤维组织细胞瘤诊断（首选）。
CD34表达于早期淋巴造血干细胞、祖细胞、内皮细胞、胚胎纤维母细胞和某些神经组织细胞，多用于标记血管内皮细胞，血管源性肿瘤的诊断，GIST 80-90%。CD31也标记血管内皮。
NESTIN，即神经干细胞中极为丰富。
Ost，即成骨素，为骨化细胞分泌。
AAT，即抗胰蛋白酶，纤维组织细胞来源肿瘤。
ACT，即抗糜蛋白酶。
GFAP，即胶质纤维酸性蛋白，神经组织标志，多用于星形胶质瘤诊断。
Tg，即甲状腺球蛋白，甲状腺癌TG阳性。
CT，即降钙素，甲状腺髓样癌阳性。
PH，即甲状旁腺素，甲状旁腺肿瘤阳性。
TTF-I，即甲状腺转录因子-1：TTF-1表达于甲状腺腺上皮和肺的上皮细胞中。在肺肿瘤研究中发现，大多数肺的小细胞癌、原发性和转移性肺腺癌、少部分大细胞未分化肺癌、大多数非典型神经内分泌肿瘤免疫组化结果显示TTF-1阳性，而肺鳞癌及绝大多数典型类癌TTF-1阴性。在甲状腺乳头状腺癌中TTF-1亦阳性，而TTF在其它组织表达阴性。据此认为TTF-1可用来鉴别肺腺癌与鳞癌，并有助于与肺转移性腺癌的鉴别。
TTF-1在甲状腺及其肿瘤中的表达：TTF-1主要表达在甲状腺滤泡细胞中和甲状旁腺的主细胞中，TTF-1为甲状腺分化和甲状腺球蛋白分泌调节的基础
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