当农商银行向农业银行转账时，确实会涉及到手续费，因为这涉及跨行交易。手续费的具体数额取决于转账的类型：
1.如果是在同一城市的不同银行之间转账，手续费是交易金额的1%，最低1元，上限为50元。
2.如果转账发生在省内不同银行之间，转账支出的手续费是交易金额的5‰，最低10元，最高50元；转账存入则为5‰，最低1元，最高40元。
3.跨省异地转账的手续费标准较高，转账支出为5‰，最低10元，最高60元，存入手续费同样是5‰，最低1元，最高50元。
4.对于5000元以下（含）的转账，手续费是交易金额的1%，最低5元；5000元到5万元（含）之间的转账，手续费固定为50元每笔。
值得注意的是，目前ATM机不支持跨行转账，必须去柜台办理。不过，如果你已经开通了网上银行，可能会提供更便宜的在线转账服务，这是比较经济的转账方式。