药品零售业面临冲击，然而“几家欢喜几家愁”，药品零差率销售推行范围的不断扩大，将给药品零售行业带来更加严峻的挑战。新医改政策扶持的基层医疗机构同零售药店将呈现出直接竞争态势，社区卫生机构药品“零差率”有政府作后盾，价格有一定优势，药店客源进一步分流已成为不争事实。中国医药商业协会副会长朱长浩表示，药店应该在经营上进行适当调整，如改变价格策略、更新商品结构等。做到“人无我有，人有我优，人优我新”，从而与医疗机构形成差异化竞争。作为国务院医疗体制改革的专家之一，北京大学刘国恩教授则对“零差率”充满质疑。在他看来，“零差率”配送虽然降低了药品价格，但这是在损害药品生产、流通效率为代价基础上进行的，扭曲了市场自身规律，很难持续发展。
“零差率”任重道远，然而，在试点城市地区推行的“零差率”政策，在真实降低患者药价的同时，也暴露出种种问题。根据北大中国医药经济研究中心的研究表明：政府统一招标采购的“零差率”配送药品，达到了社区医疗服务机构药品总量的80%到90%，药品价格比医院零售价格降低40%左右。“零差率”能够在一定程度上缓解患者看病贵的问题，降低了医疗费用的重要组成部分药品费用，减轻了医生开大处方的激励，降低了常用药品价格和次均处方费用，但在吸引社区居民就诊效果上并不明显。社区卫生服务机构如单纯靠药品价格，而不改变机构的配套措施和补偿机制，无法彻底改变老百姓的观念，就无法实现“小病到社区，康复回社区”的思路。并且“零差率”配送必须与社区机构收支两条线政策同时实施，但后者的最大弊端是损害医务人员的工作积极性。
此外，由于实行“零差率”，减少的药品收入需要政府补偿。因此，该政策对于地方政府的财力是极大的考验。根据北京市卫生局副局长梁万年近日透露，北京市政府为实行“零差率”投入补贴大约2亿多元。由此推算，“零差率”销售要在全国推广，恐怕困难重重。卫生部发言人毛群安在卫生部新闻发布会上也曾公开表示，仅仅依靠降低一些药品价格的办法已经无法达到降低老百姓购买药品所支付费用的作用。由此可见，要从根本上扭转当前“以药养医”的状况，解决老百姓吃药贵问题，试点实行药品“零差率”，还只是为全国性的医改探路的第一步。
