根据上述职责，市交通运输局设11个内设机构，如下：
（一）办公室。
负责文电、会务、机要、档案、设备管理等机关日常工作；承担信息、宣传、保密、督办、信访、政务公开等工作；负责交通信息化建设和管理工作。
（二）规划基建科。
组织编制综合运输体系规划，拟订全市交通运输行业发展规划、年度计划、专项计划；负责交通运输基本建设项目初步设计、施工图设计、可行性研究报告的审批或初审上报工作；指导公路建设、养护、管理；协调、监督公路工程项目招投标及工程造价管理工作；监督检查公路建设养护的安全生产及工程质量；组织交通工程项目竣工验收；负责交通运输综合统计。
（三）综合运输科。
监督管理城市公共交通（含出租车）、道路客货运输、道路客货运输站（场）、机动车维修、运输服务业、机动车驾驶员培训等工作；组织协调重大节假日城乡客运、重点货物运输及紧急物资运输的工作；负责道路运输行业安全生产监管和统计工作；按规定承担物流市场有关管理工作；组织协调道路、水路等多种运输方式的衔接工作。
（四）港航管理科。
监督管理水路运输、水路运输服务业、外轮理货、船舶代理、港口、码头、航道及港航设施建设使用岸线等工作；组织协调重点物资和紧急情况水路运输和港口规划、建设项目审核工作；负责水路运输、港口安全生产监管工作；指导县、乡（镇）政府对横水渡的管理工作。
（五）安全监督科（交通运输应急办公室）。
组织、指导交通行业安全生产和应急管理工作；按规定组织或者参与交通行业安全生产事故的调查处理工作；负责全市交通行业“三防”、交通科技、质量管理工作及安全生产事故统计上报工作；指导、监督交通行业技术标准、计量、规范的实施；指导交通行业环境保护和节能减排工作；负责机关及指导直属单位安全、保卫工作。
（六）法规科。
负责有关规范性文件审核、普法教育、依法行政和路政管理工作；承担交通运输行政复议、行政应诉和执法监督工作；负责交通运输执法业务培训和执法证的管理工作；承担交通运输行政许可事项的统一受理、材料审查等有关办理工作；指导交通行业体制改革、结构调整工作。
（七）财务审计科。
组织编制部门预、决算；指导和监督货物港务费的征收；负责机关及指导直属单位的专项资金、资产管理、内部审计以及利用外资等工作；负责局管交通资金的拨付及监管；负责收费公路的管理及收费站设置的组织协调和监管工作。
（八）人事科。
负责机关和指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、计划生育、离退休人员服务和党群等工作；拟订交通教育规划和年度计划并组织实施；按规定管理直属单位领导干部。
（九）监察室。
负责机关和指导直属单位的监察、纪检和党风廉政建设工作；指导交通运输行业精神文明建设、行风建设、治理公路“三乱”等工作。
（十）市交通战备办公室。
贯彻执行国家交通战备工作的政策、法规，并在本地区交通通信基础建设中提出贯彻国防建设的有关要求；编制交通战备工作计划和重点交通目标保障方案；组编国防交通运输保障队伍，完成上级下达的战时、紧急时期各项动员和道路保通任务；负责机关及指导直属单位的武装工作。
（十一）综合行政执法局。
指导、监督全市交通运输行政执法工作，承担全市高速公路、航道、市区交通运输行政（道路运政、水路运政、公路路政、航道行政、港口行政）等方面的监督检查、行政处罚、行政强制等工作；组织查处重大违法案件，组织、协调全市统一或专项执法行动及跨区域的交通执法工作。
