高效液相色谱法有多种类型，其中吸附色谱主要依据样品的极性官能团与填料吸附活性中心的相互作用。非极性样品在该过程中被有效分离，极性功能团的种类、数量和位置得以清晰识别。通常，选择性分离要求样品能溶解于有机溶剂且是非离子型的，离子型物质则不适宜。流动相常用正己烷、三氯甲烷、二氯甲烷，加入适量乙醇（不超过10%）以保持填料的吸附活性。
分配色谱分为正相和反相。正相分配色谱适用于不溶于水的极性有机溶剂，而反相色谱广泛用于极性非离子型样品，通过改变水-甲醇或水-乙腈的比例进行调节。离子型样品需通过离子抑制或离子对方法进行分离，如调整流动相的pH值以抑制离子基团的电离。
离子交换色谱利用填料的离子交换基团与样品离子的交换作用，适用于离子型物质。流动相的盐浓度、pH和种类对分离效果有显著影响，常用磷酸盐、醋酸盐和硼酸盐。氯化物盐类因可能腐蚀仪器而避免使用。凝胶色谱则根据分子大小的排阻效应，分为凝胶渗透色谱和凝胶过滤色谱。凝胶渗透色谱适用于有机溶剂中样品，如PVC，PS等，而凝胶过滤色谱适用于水溶剂，如蛋白质等。