日照市盐务局内部设有多个职能科室，包括办公室、人事科、盐政科（下属盐政一大队和盐政二大队）、食盐专营科、财务审计科（资金结算中心）、经营管理科、工会、纪检监察室以及食盐配送中心。配送中心下设四个区域配送队，如城区配送队负责30万人口的配送，每队配置1辆厢式货车，负责44条配送线路。派出机构包括莒县盐务局、五莲县盐务局，分别负责各自区域的盐业行业管理、盐政执法和食盐专营工作。城区、董家滩、安东卫和涛雒盐务所分别负责日照市不同区域的盐务管理工作，均为正科级事业单位。
此外，日照市盐务局还直接管辖几家企事业单位，如始建于1957年的日照市廒头盐场、成立于1958年的日照市王家滩盐场以及始建于1944年的日照市安东卫盐场，这些都是市盐务局的直属集体企业。
日照市盐务局是日照市人民政府的盐业行政主管部门和盐业行政执法主体，正处级建制事业单位，负责本区域内盐业行业管理、盐政执法和食盐专营的行政管理工作，垂直管理单位，隶属于山东省盐务局。日照盐业公司是山东省盐业集团有限公司的直属企业，依法从事本行政区域内的盐资源开发、利用和盐产品生产、加工、储运、批发经营业务。局司一套班子、两块牌子、职能分设、合署办公。