有以下几点不同：
一、概念不同
1、不征税
指不属于增值税的征税范围的项目。
2、免税
属于原本需要征税的而根据税法相关规定，给予某些项目取得收入免予缴纳增值税的税收优惠。
3、零税率
增值税税率的一种，主要适用于纳税人出口货物和跨境应税行为。零税率在计算缴纳增值税时，销项税额按照0%的税率计算，进税额允许抵扣。
二、适用时间不同
1、不征税
没有硬性的适用时间段规定，《企业所得税法》第七条规定，收入总额中的下列收入为“不征税收入”：财政拨款；依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；国务院规定的其他不征税收入。
2、免税
纳税人发生应税行为适用免税、减税规定的，可以放弃免税、减税，按规定缴纳增值税。放弃免税、减税后，36个月内不得再申请免税、减税。
3、零税率
纳税人销售适用增值税零税率的服务或无形资产的，可以放弃适用增值税零税率，选择免税或按规定缴纳增值税。放弃适用增值税零税率后，36个月内不得再申请适用增值税零税率。
三、开具发票的权限不同
1、不征税
不征税除特殊情形外，不能开具增值税发票。《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条规定，不征增值税项目本身并不属于增值税的征税范围，所以纳税人发生不征增值税项目，取得收入时不能开具增值税发票。
2、免税
可以开具增值税普通发票。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第538号）第二十一条、《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文附件1）第五十三条，增值税纳税人销售免税货物，不得开具增值税专用发票，只能开具增值税普通发票。
3、零税率
可以开具增值税普通发票。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第538号）第二十一条、《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文附件1）第五十三条，增值税纳税人销售免税货物，不得开具增值税专用发票，只能开具增值税普通发票。
扩展资料：
1、不征税收入可以开发票的特殊情形
融资性售后回租业务中承租方出售资产的行为虽然属于不征增值税项目，但很多地区规定，融资性售后回租服务中的承租方收取有形动产价款本金，可以开具普通发票，作为出租方据以差额扣除的合法有效凭证，承租方开具发票不征收增值税。
2、征增值税项目是指免税收入是纳税人应税收入的重要组成部分，只是国家为了实现某些经济和社会目标，在特定时期或对特定项目取得的经济利益给予的税收优惠照顾，而在一定时期又有可能恢复征税的收入范围。
3、由于规定税率为零，纳税人不需要纳税。真正体现零税率理论上定义的，是增值税对出口产品实行零税率，即纳税人出口产品不仅可以不纳本环节增值额的应纳税额，而且可以退还以前各环节增值额已纳税额。并且只有一般纳税人企业才能充分享受零税率的福利。
参考资料：百度百科-零税率
参考资料：百度百科－免税
参考资料：百度百科－不征税收入