有一段长度约为1000bp的DNA序列，如何证明其中的PRD区（大约第60-100bp）表达的蛋白与特定蛋白有作用？

Question

而不是这个序列的其他区域与特定蛋白有作用？如何设计实验？

Answer 1

传统的方法是设计截短体突变。你可以设计2对引物，分别是（A）1-60bp（B），（C)100-1000bp（D）的引物，其中B引物与第二段序列初始有所重叠，C引物与第一段序列末尾有所重叠。先利用2对引物分别PCR得到2个片段，再以产物为模板，A,D引物进行PCR，得到缺失60-100bp序列的目的基因。
随后进行蛋白质相互作用的验证（酵母双杂交，PULL-DOWN,CO-IP等，或者SPR等），证实在缺失了该段序列后，相互作用无法发生。
你要证实的目的序列较小，难以单独表达目的蛋白（才10几个氨基酸），如果目的序列较大的话，可以单独表达这一段，进行相互作用的验证。