一些科学家开始探询可能的其他原因。罗斯.麦卡菲（Ross Macphee）是一位生物学家，20世纪90年代以来，他一直关注美洲的动物灭绝情况。一次的灭绝始于1500年，也就是欧洲人到美洲探险的年代。当麦卡菲编撰灭绝动物名单的时候发现：近500年来，灭绝的物种1/8是大型哺乳动物；在上一个冰河期结束时，灭绝的有3/4是大型哺乳动物，而在这当中的1万年中，北美没有一种哺乳动物灭绝。麦卡菲开始考虑这之间的空白。他认为，无论是史前还是如今出现的物种灭绝，都反复出现一种模式，即人类与灭绝动物的碰撞。他猜想，是不是人类对大大小小的哺乳动物给了致命的打击。
本世纪初，埃博拉病毒爆发，将非洲某些村落的人消灭殆尽。一种病毒竟然可以在整个人群中传播，这引起麦卡菲的兴趣。他进一步猜想，是不是有一种超级病毒，它不只是在一个物种间传播，而且可能将好几个物种灭绝。麦卡菲和另一位试图研究灵长类艾滋病毒的科学家一起构筑了超级病毒假说。
他们把超级病毒定义为对一个物种各个年龄段都有杀伤力的病毒，它一旦发作，至少会把某一物种3/4个体杀死，并且对其它物种也有相同的杀伤力。如今我们所知道的病毒里面，没有一个符合超级病毒的条件，但某些病毒也具有其中某些特征。比如流感病毒就能跨越物种界限，而20世纪90年代早期，一种菌类在中美洲金蛙群中肆虐，1995年以后，人类就再也没有见到过金蛙，这说明金蛙这一物种已经灭绝了。
有许多证据证明猛犸象可能灭绝于一种超级病毒。猛犸象在地球存在了数百万年，当一批新的智人来到北美大陆的时候，这些长毛獠牙的动物就开始销声匿迹了。大约4000年前，弗兰格尔岛上还有猛犸象生存，可是当人类的脚步踏上这片土地的时候，它们带着猛犸象所有的秘密也死光了。
麦卡菲认为，正是和人类的接触才使猛犸象受到一种来自人类的病毒的侵袭，而它们的免疫系统对这种新的病毒没有及时的抗击能力。如果猛犸象和它们的亲戚亚洲象一样，孕期长达两年的话，即使某些个体能够抵抗病毒，它们的繁殖速度可能也不够快，从而无法挽救整个物种的灭亡。 从年代上，猛犸象和早期人类有很长一段共存的时间。一些远古的岩画中清楚的刻着猛犸象的形象，而古岩画通常是早期人类活动的记录。有些科学家据此认为，猛犸象等大型动物是遭到猎杀而灭绝的。这个假设是从研究北美洲的动物灭绝而提出来的。科学家们认为，亚洲人跨过如今已被海水淹没的白令海峡来到阿拉斯加，然后向南扩张至整个美洲大陆。而人类向南扩展的过程和大型动物灭绝的时间出奇地吻合。
一部分迁徙到美洲大陆的人建立了所谓的克罗维斯（Clovis）文化，该文化的遗址最初在一个叫克罗维斯的地方发现，因而得名。这种文化在北美大陆各地都有发现，他们兴盛于1.3万多年前。猛犸象的庞大体型和厚厚的长毛无疑会成为人类食物和皮毛的目标。克罗维斯人以其大型石斧和尖锐石矛而闻名，这些武器和智人的战略对于从来没有遇到过这么强势对手的古骆驼、大地獭、猛犸象等大型哺乳动物来说，都是致命的。
考古学家的发现为这个假说提供了一些直接的证据。1932年在科罗拉多州的丹特地区发现了猛犸象的骨骸和矛尖，而骨骼上有长矛留下的伤痕。此后陆续在其他考古遗址发现类似的情况。例如，在亚利桑那州圣彼得山谷的雷娜农场，发现有十三具猛犸象遗骸和石制的矛尖。这群猛犸象，看起来似乎是一个象群，聚集在一个水塘的时候全部遭到屠杀。捕杀理论也有严重的缺陷。虽然科学家们发现了一些猛犸象被宰杀的遗址，却没有直接证据能证明其它大型动物也遭到类似的猎杀。研究表明，克罗维斯人似乎更愿意捕猎小型的动物和采集植物，因此人类的滥捕滥杀不大可能是大地獭之类大型动物灭绝的惟一原因。
而且克罗维斯人并非首批来到美洲大陆的人类。在智利南方的一个距今约1.4万年前的定居点发现的证据显示，在猛犸象等大型动物灭绝的几千年前，人类就已经在美洲大陆生活了。
▲澳洲巨型袋鼠在4万年前的灭绝原因
地质沉积学证明表明，在巨型动物逐渐减少的时期里达灵当斯地区曾经经历了反复的干湿条件的循环，即干旱与暴雨造成的周期性的大水。研究中没有发现能够表明化石的堆积有人类活动参与的证据，但是却能够将巨型动物的减少与不断恶劣的干旱气候联系起来。因此，最有可能的情况是澳大利亚巨型袋鼠和其它巨型动物的灭绝是‘大自然母亲’一手造成的。
