1992年6月，原化学工业部党组研究制订了化工行业深化改革和适应社会主义市场经济体制的战略部署，决定以化工部直属的中国化工建设总公司、中国化工供销总公司、中国化学工程总公司、中国化工装备总公司、中国化工新材料总公司等“五大公司”和南京化工厂为主体组建中国昊华化工（集团）总公司，在化学工业全面实施“大公司、大集团”战略。1992年12月31日得到国务院生产办公室正式批准，1993年2月领取营业执照，于1994年9月正式挂牌运行。
1996年至1998年，原化工部机构改革时成立的18家公司划归昊华公司，经过调整、撤并和改组，充实了昊华的队伍。1996至1998年，国家确认昊华公司作为化工行业中央级“拨改贷”转国家资本金的出资人地位，涉及化工企业164家，共31.29亿元人民币。1998年初，昊华公司与国家石油和化学工业局“脱钩”，重组后以集团公司建制进入中央管理序列，由中央企业工作委员会直接管理。
1999年，原化工部所属18家科研院所按中央政策转制后进入昊华公司，昊华公司成为境内最大且化工科研实力最强的大型化工企业，为实现科研生产一体化，提升昊华的核心竞争力奠定了基础。
2001年，原化工部地质矿山局及所属单位重组改制为中国明达化工矿山总公司划归昊华公司。宣化化工总厂、河北辛集化工集团等企业相继进入昊华公司。同年，国家计委、财政部联合发文，将18.59亿元特种“拨改贷”和经营基金划入昊华并转为国家资本金，至此昊华公司初步打下了科研、工业生产、贸易和金融业务相结合的大型化工企业集团的基础，拥有具有外事权、外贸权、特殊化学品专营权和非银行金融业务经营权。
2001年7月，昊华公司研究制定出“十五”发展规划，明确公司定位为“以科技为先导，新型材料为主业，金融贸易为两翼，科、工、贸、金一体化的大型科技产业集团”，并确定了“十五”经济指标。2003年，湖南益阳橡胶机械集团公司、桂林橡胶机械厂相继划归昊华公司，橡胶机械生产能力跃居国内前列。2004年，昊华公司收购河北中意玻璃钢公司；山西原平化工集团公司进入昊华公司；托管四平联化；以增资方式相对控股河南宇航化工公司。昊华公司通过实施资本运作、产品结构调整和科技创新三个杀手锏，获得了超常规发展，大大提升了公司的竞争力。
2004年5月，由昊华公司与蓝星公司共同发起组建的中国化工集团公司正式挂牌运行，搭建了一个更为宽广的发展平台。原昊华公司所属中国化工信息中心、中国明达化工矿业总公司、中国华辰化工技术经济中心、中国化工新材料总公司、中国化工装备总公司等五个单位移交中国化工集团公司直接管理。
2005年，昊华公司对自贡鸿鹤化工公司实现了无偿划转，并以增资扩股方式对河南骏马化工集团实现相对控股。
2006年3月，昊华南方橡胶公司与桂林市国资委签订《产权转让协议》，受让桂林轮胎厂、桂林乳胶厂、桂林南方橡胶公司橡胶制品厂三家企业全部股权。2006年6月，昊华北方公司与天津大学签订《重组天津天大天久科技股份有限公司意向书》。2006年11月，昊华公司与河南轮胎集团有限公司签订《风神轮胎股份有限公司国有股转让协议书》，河南轮胎集团有限责任公司将持有的1亿股风神轮胎股份有限公司股权无偿划转给昊华公司。
2008年3月，昊华公司进行战略重组，原昊华公司所属的昊华南方（桂林）橡胶有限责任公司、中联橡胶（集团）总公司、天华化工机械及自动化研究设计院等15家单位移交中国化工集团公司其它专业公司管理。新疆中泰化学股份有限公司、黑龙江黑化集团股份有限公司、湖南省湘维有限公司等九家企业进入昊华管理序列。
