酸雨可导致土壤酸化，酸化的土壤肥力减退，会导致农业减产。日本的调查表明，酸雨使某些谷类农作物减产30％。在美国，酸雨使农作物每年损失10多亿美元。据我国农业部门统计，全国受酸雨侵害的农田达530万公顷，每年损失粮食63亿千克。
土壤中含有大量铝的氢氧化物，土壤酸化后，可加速土壤中含铝的原生和次生矿物风化而释放大量铝离子，形成植物可吸收的形态的铝化合物。植物长期和过量地吸收铝，会中毒，甚至死亡。
酸雨会加速土壤矿物质营养元素的流失；改变土壤结构，导致土壤贫瘠化，影响植物正常发育；酸雨还能诱发植物病虫害，使作物减产。
酸雨可使土壤微生物种群变化，细菌个体生长变小，生长繁殖速度降低。如分解有机质及其蛋白质的主要微生物类群芽孢杆菌、极毛杆菌和有关真菌数量降低，会影响土壤中营养元素的良性循环，给农业生产带来危害。酸雨可降低土壤中氨化细菌和固氮细菌的数量，使土壤微生物的氨化作用和硝化作用能力下降，对农作物大为不利。
1982年6月18日，重庆下了一场pH值为3.9的强酸雨，某乡上万亩水稻叶片迅速变成赤色。这场灾害使水稻的产量损失40万千克。
酸雨对农作物的伤害可以分为急性伤害和慢性伤害两种。急性伤害，通常是指农作物与强酸雨或高浓度二氧化硫等污染物接触，其叶片在短时间(1～3天)内出现细胞死亡，严重者出现枯叶、枯枝、枯梢和枯株。这种情况只在实验室和土法炼硫窑附近见过。慢性伤害，一般系指农作物长期与弱酸雨或低浓度的二氧化硫等污染物接触，其叶色失绿或色素变化，破坏作物细胞正常代谢活动，导致细胞死亡，其可见伤害症状为过早落叶等。一般酸雨地区或二氧化硫长期超标地区，会发生这种情况，这也是大面积农作物减产的原因。
酸雨对农业的影响大小，还与酸雨发生地的土壤酸碱度、种植的不同农作物的耐酸性有关。
以我国为例，酸雨对南方农业收成的影响大于对北方的影响。这是因为我国南方土壤本来多呈酸性，再经酸雨冲刷，加速了酸化过程；而北方土壤呈碱性，对酸雨有较强的缓冲能力。
科学家对不同农作物对酸性物质的耐受能力做过实验，他们在实验室内用一定剂量的二氧化硫去熏不同农作物，一段时间之后，不同农作物所受到的伤害完全不同。因此，科学家把农作物分为敏感性农作物、中等敏感性农作物和抗性农作物三类：敏感农作物有大麦、棉花、大豆、菠菜、胡萝卜和辣椒等；中等抗性农作物为小麦、菜豆、花生、黄瓜、油菜和番茄等；抗性农作物为水稻、玉米和马铃薯等。
以蔬菜为例，在pH值为3.5的高酸性环境里，酸敏感蔬菜番茄、芹菜、豇豆和黄瓜产量可下降20%；而有中等敏感性的生菜、四季豆和辣椒产量下降10%～20%；抗酸性较强的青椒、甘蓝、小白菜、菠菜和胡萝卜的产量下降低于10%。
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