根据上述职责，市教育局设11个内设机构。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案、财务、资产等机关日常运转工作以及政务公开、新闻发布、来信来访、安全保密、政务应急等工作。
（二）人事科
承担局机关和直属单位干部人事工作，指导市直学校的人事工作；负责全市教师工作，组织实施教师资格制度；加强对全市中小学教师工作的统筹、规划、管理，依法落实县级以上教育行政部门履行中小学教师的资格认定、招聘录用、职务评聘、考核奖惩、调整流动等职责。指导教育系统人才队伍建设工作。承担大中专毕业生就业指导与服务工作以及市属中专毕业生派遣工作。
（三）计划财务科
拟定全市教育事业发展规划；拟定各级各类学校招生计划；承担中等专业学校设置、撤销、更名、调整等的审核报批工作；承担教育基本信息统计、分析和发布工作；参与拟定教育经费筹措、教育拨款、学生资助政策；承担统计全市教育经费投入情况的有关工作，监测全市教育经费的筹措和使用工作；参与义务教育保障机制经费、有关教育专项经费管理；负责教育部门经费预算和决算；承担全市教育系统的内部审计工作，负责市直学校、事业单位国有资产管理工作；负责全市教育基本建设和校舍维修改造工作，监督落实各级各类全市学校建设标准。
（四）基础教育科
承担义务教育、高中教育、特殊教育的宏观管理工作，会同有关方面提出加强农村义务教育的政策措施，拟定推进义务教育均衡发展的目标、政策措施，提出保障各类学生平等接受义务教育的政策措施；负责落实义务教育办学标准，规范义务教育学校办学行为，推进教育教学改革；拟定普通高中教育、幼儿教育、特殊教育的发展政策和基础教育的基本教学文件；指导民办普通中小学校教育教学管理工作；宏观管理全市中小学教材建设，组织落实地方教材，指导全市中小学开发校本教材，推进基础教育课程改革；指导中小学教学信息化、图书馆和实验设备配备工作；承担义务教育及普通高中学生学籍学历管理工作。指导中小学体育、卫生与健康教育、艺术教育、国防教育工作，拟定落实相关政策和教育教学指导性文件，宏观管理相关专业的教材建设；组织和协调中小学生参加体育竞赛和艺术交流活动；指导中小学校的军训工作；协助有关部门开展学校疫病防控、食品卫生工作。
（五）职业教育科
承担全市中等职业教育统筹规划、综合协调和宏观管理工作；拟定有关政策措施和教学指导文件；落实中等职业教育教学基本要求；指导中等职业教育教学改革工作工作；指导中等职业学校教师培养培训和学籍管理工作；指导中等职业学校的德育工作、思想政治工作和安全管理；指导民办职业中学教育教学管理工作。
（六）成人教育科
承担全市成人教育以及扫除青壮年文盲的宏观指导工作；指导农村成人教育和农村教育综合改革工作，会同有关部门指导全市计算机应用能力培训与考核、职工教育、岗位培训、农民实用技术培训和农村富余劳动力转移培训工作；指导全市社区教育工作和学习型组织建设；承担民办教育的统筹规划、综合协调和宏观管理的有关工作，牵头拟定民办教育有关政策规定及审批和管理民办中等及中等以下非学历教育教学机构；承担全市成人高考工作。
（七）学前教育科
承担全市幼儿教育的宏观管理工作；拟定全市幼儿教育的发展政策和基本教学文件；承担全市幼儿园注册登记与评估定类工作；指导全市学前教育机构教科研工作；组织幼儿园园长、教师培训，实施持证上岗；对0-6岁儿童家长进行科学育儿知识的宣传指导。
（八）师资培训科
规划、指导全市中小学、幼儿园教师师资培养培训、继续教育、业务考核和骨干教师队伍建设；指导全市中小学教育干部培训工作；指导市属师范院校、教师进修学校、教师培训机构的教学管理、学籍管理和质量监控工作。组织指导全市教师教育方面的国内外合作与交流。
（九）思想政治教育科
指导中小学党的宣传工作、精神文明建设工作和德育工作；承担中小学学生与教师的思想政治工作；指导中小学班主任、辅导员队伍建设和培训工作；指导中小学校园文化建设工作；规划、指导中小学校外教育工作；指导全市教育系统关心下一代工作。
（十）安全法制科
指导全市各级各类学校的安全保卫、政治保卫、综合治理和维护稳定工作；承担教育系统突发公共事件的应急管理工作；指导学校开展不稳定因素排查工作；协调学校重大安全与稳定事件处置及有关专项整治工作；指导学校安全教育和学生预防违法犯罪工作；承担教育系统反邪教防范控制、宣传教育和教育转化等工作。研究教育改革与发展战略并就重大问题进行政策调研；承办全市教育系统法制建设和依法行政的有关工作；承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作，承办局机关行政处罚听证、行政复议、行政应诉、行政赔偿及其他法律事务。
（十一）离退休人员管理科
负责机关离退休人员管理服务工作，指导直属单位的离退休干部工作。
晋中市人民政府教育督导室
贯彻落实教育督导的有关制度和标准，指导全市教育督导工作，拟定督导评估方案和标准；督导本级人民政府有关部门和下级人民政府、教育行政部门及其他有关部门履行教育职责；组织对全市中等及中等以下学校和其他教育机构教育工作的督导检查；组织开展全市基础教育发展水平和质量监测。
纪检监察机构按照晋中市机构编制委员会《关于市直机关设置监察机构有关事宜的通知》（市编发〔2003〕1号）和中共晋中市纪律检查委员会、中共晋中市委组织部、晋中市机构编制委员会办公室、晋中市监察局《关于印发<关于对纪委监察局派驻机构实行统一管理的实施意见>的通知》（市纪发〔2008〕14号）规定执行。
