萍乡市交通运输局的内部结构设有多个职能科室，每个科室都有特定的职责分工。以下是详细的科室介绍：
（一）办公室
负责日常行政运行，如文电处理、会务安排、机要事务、档案管理等。还包括信息管理、安全保密、信访处理、政务公开等工作。此外，办公室还负责督办行政决定的执行情况，以及社会治安和人口计生事务的管理工作。
（二）公路管理科
负责公路建设规划，进行交通运输发展战略研究，指导公路建设、养护和管理等工作。监管交通工程市场，审核相关规划和建设项目，参与公路项目的变更管理，包括设计变更初审、施工许可和竣工验收。此外，农村公路建设和交通运输科技工作也由其负责。
（三）运输管理科
监管城乡道路和水路运输市场，制定相关制度并监督实施。管理公路运输、公交、租赁、出租车和旅游客运市场，以及机动车驾驶培训和汽车综合性能检测。参与物流业发展策略和轨道交通运营指导，规划道路运输和客货运站场。
（四）财务审计科
执行公路、水路行业投融资政策，负责专项资金、预算、采购、外汇和信贷事务，以及机关和直属单位的财务管理和内部审计工作。制定公路规费政策并监督执行。
（五）行政审核审批科
负责交通行政许可、行政审批等工作，处理相关行政执法、行政复议和诉讼事务。制定和审核机关的规范性文件，确保合法性。
（六）安全监督科
制定和监督公路、水路、城市客运的安全生产规定，指导应急体系建设，负责运输企业安全生产和交通工程安全监管，组织事故调查处理，并协调重点物资和紧急运输。
（七）组织人事编制科（机关党委）
负责机关和下属单位的机构编制、人事管理，包括党建、宣传、教育、群团等工作，以及离退休干部的管理工作。
另外，市交通战备办公室作为国防动员委员会的办事机构，负责交通战备规划，提出国防要求和战时保障方案。市铁路建设办公室则是市政府铁路建设的协调机构，参与铁路规划和建设协调工作。
最后，人武部负责本系统的民兵预备役工作，而纪委（挂纪工委牌子）和监察室是市纪委（市监察局）的派驻机构，负责监督和廉政建设。