二战末期，为“统一”武装力量，美国陆军部提议设立一个由单一军官领导的国防参谋机构，受文职国防部长监督。1947年，随着“国家军事机构”和国防部长职位的设立，国防部长的地位虽与三军部长平等，但只有少量工作人员，隶属于内阁。当时，军种间的协商由无主席的参联会负责，各军种保持独立指挥权。
1949年，《国家安全法》出台，国防部长权力增强，单一国防部成立，陆军、海军和空军归属其管辖，军种不再属于内阁。国防部长通过预算解决军种间的纷争，参联会增设主席，成为国防部长和总统的首席军事顾问，但仍保留各军种的“作战指挥权”和“行政独立”。1958年的《国防改组法》让国防部长掌握作战指挥权，扩展了在财务、科研、后勤等方面的权力，形成作战指挥和行政管理两大系统。1986年的《国防法》进一步扩大参联会主席权限，分享国防部长的部分职权，但其依然是顾问性质，无权直接指挥军队，至此确立了美军的指挥体系：总统作为最高指挥官，国家安全委员会是最高决策机构。
作为最高行政机构，国防部下设多个部门，如武装部队政策委员会、国防部长办公厅、参谋长联席会议和陆、海、空三军种总部。三军种总部负责本军种的行政管理等事务，由总统提名的文职部长领导。参谋长联席会议是总统的军事咨询机构，由各军种参谋长组成，其执行机构联合参谋部负责具体执行作战和管理任务。
美军的指挥特点包括：文官主导军权，国防部统一管理三军，国防部长、副部长和军种部长均为文官。作战和管理通过双轨制进行，作战指挥系统和军事管理系统独立运作。总统掌握决策权，参谋长联席会议负责指挥。在这样的体系中，国防部长虽无军衔，但作为军队的最高行政长官，对各军种的领导具有权威。
美国国防部、军队最高长官。1947年美国设立“国家军事机构”和国防部长一职，以此来“统一”武装力量。国防部长级别与三军部长平等，同属内阁部成员，各军种之间的关系仍由没有主席的参联会进行协商，各军种部拥有独立指挥权。1949年国会颁布《国家安全法》，创立单一的国防部。陆、海、空军三军种部划归其下；参联会设主席一职，各军种还保留“作战指挥权”和“行政独立”。1958年《国防改组法》使国防部长掌握了作战指挥权，在财会、科研、后勤等方面均有更大实权。1986年《国防法》扩大了参联会主席权限，分享国防部长部分职权。