上牌时车辆合格证是会被车管所给收走。车辆合格证是证明车辆合格的凭证，上牌是给合格车辆上，车管所办理上牌时合格证是重要证据之一，车上了牌合格证留存车管所作为档案封存。然后会给你发一个车辆行驶证和合格检验标，以后审车的时候拿着行驶证即可。
车管所将不在为这几种车辆上牌：
1.国五以下排放标准：如今我国实行的是国家第五阶段机动车污染物排放标准，在不久的几年内也将实行国六标准。而对于国三国四排放标准的车型，车管所不予办理上牌手续，车主们也一定不要购买。
2.没有合格证：汽车合格证是汽车的一个重要凭证，也是汽车上户时必备的证件，只有具备合格证的汽车才符合国家对机动车装备质量及有关标准的要求，没有汽车合格证的汽车无法办理上牌手续。
3.识别代码与引擎盖识别代码不同：简单来说，汽车的识别代码相当于汽车的身份证号，由17位字符组成，根据国家的车辆管理标准确定，包含的车辆的所有信息。引擎盖识别代码和汽车识别代码是一致的，在不一致的情况下是无法办理牌照手续的，车主们一定要注意。