在人类的消化系统中，生存着一个由细菌构成的庞大生态系统，叫做肠道菌群或者肠道菌丛。最近的研究表明，这些微生物可以通过操纵大脑，让宿主吃下不健康的食物，甚至让宿主感觉紧张和消沉。这些都是细菌的生存环境优化策略的一部分。肠道微生物群可以通过迷走神经影响其宿主的进食模式。迷走神经是一条从脑延伸到肠道的神经， 微生物能够修改迷走神经中的神经信号，改变味觉接收器，产生毒素以及释放化学奖励，并通过上述行为达到操控行为和情绪的目的。
除了与迷走神经密不可分，肠道还连接着内分泌系统和免疫系统，这意味着这些微生物群还能够影响这些系统，但是研究者尚未搞清楚具体的方式。
微生物群与人体的细胞数量比是100比1（尽管它们的细胞要远比人类的小）。细菌能让它们的宿主渴望富含糖和脂肪的不健康食品，因此被认为是造成肥胖的因素之一。研究人员还发现我们的肠道菌群与肿瘤的生长有关，可能是一些胃癌以及其他类型癌症的肇因。
肠道菌群操控宿主的饮食模式是为了生存和繁殖，也是为了消灭隔壁的微生物竞争对手。肠道是这些细菌的战场，操纵宿主的脑以使其摄取特定的食物是它们的主要武器。有时候它们甚至会因为令宿主吃下有害的食物而危及宿主。肠道菌群不够多样性（也就是说一种细菌凭借对脑的操控杀光了其他细菌）的人更容易肥胖。
肠道菌群并不是肥胖的唯一因素，微生物群可能具有传染性，包括那些造成过度进食的细菌。
但是不能马上用一堆抗生素把肠道里的细菌消灭，因为这些微生物群具备“营养摄取和免疫发展”等重要功能，也就是说它们为身体提供维生素和矿物质，并且建立起身体免疫系统，以此作为居住在体内的回报。这些微生物群还帮助宿主消化特定食物。比如生活在日本的人有一种特殊的细菌帮助他们消化海藻。非洲一些食用高粱秆的儿童拥有能帮助他们消化纤维素的细菌。
不过幸运的是，通过相对简单的饮食习惯改变，每个人的微生物群也都很容易得到控制。饮食发生改变后肠道菌群自我重建所需的时间是24小时，改变肠道里的细菌有助于改变饮食习惯，反之亦然。
