随着历史的长河缓缓流淌，一段关于刘伯温与阿秀的传奇故事被缓缓揭开。在这个故事中，刘伯温与阿秀携手共度难关，为大明王朝的稳固和繁荣贡献了自己的一份力量。让我们一起走进这段历史，探寻其中的奥秘与感动。
朱元璋，这位明朝的开国皇帝，依靠着刘伯温的奇门遁甲和天地五行之术，不仅平定了元朝的江山，还成功建立了大明王朝。然而，当大明江山初定，元朝公主南风为报灭国之仇，潜入皇宫行刺朱元璋，却不幸失手，导致双眼失明。在阿田家烧饼铺的庇护下，南风与刘伯温、阿秀结为好友。面对南风的困境，刘伯温不惜一切代价，想要保护她远离皇室的纷争，同时，也尽力医治她的眼疾。然而，胡惟庸为了个人私利，不仅通缉南风，甚至试图让朱元璋与她结婚，导致南风与她的哥哥梁王相继离世。此时，胡惟庸利用南风与朱元璋之间的情感，试图离间皇后与皇上的关系，扰乱朝政，陷害忠良，欺压百姓。刘伯温凭借智慧，最终在皇后的支持下取得了胜利。
紧接着，朱元璋带着马皇后回宿州祭祖，然而，胡惟庸却得知了这个计划，并向马后亲生弟弟马天行献计，试图除去刘伯温。马天行为了获得权势，心动不已，将刘伯温引至宿州，意图予以歼除。在这危急时刻，一位自称刘伯温未婚妻的女子小青出现，揭露了马天行的弱点，并阻止了马天行的计划。小青的出现，让阿秀醋意大发，誓要查明她的来历。经过一番波折，阿秀得知了小青的真实身份和背景，同时，刘伯温也得知了真相，并为小青平反，这一举动却引来杀身之祸。原来，这一切都是因为马天行为了姐姐（皇后）头上的凤珠所引发的。马天行的贪婪，最终导致了自己和亲姐姐的悲剧。
在朱元璋的城门，发现了一张陈友谅的画像。陈友谅，朱元璋一生中的最大敌人，如今虽已被消灭，但朱元璋仍感到缺憾。为了弥补心中的遗憾，朱元璋寻找画师为其画像。然而，每个画师画出的画像都无法达到陈友谅的雄壮威武。在马后的建议下，刘伯温找到了为陈友谅画像的画师温士凯，但温士凯因身体原因无法前往京城。为了完成任务，朱元璋亲自前往金华，并探访了金华守将路允正。此时，一女子霜红出现，欲与刘伯温一较高下，却让刘伯温警觉。经过一番调查，刘伯温得知霜红是陈友谅的女儿，而她正是利用陈友谅的画像将朱元璋引至金华，其母亲半支莲则意图以七绝阵摧毁大明朝。刘伯温得知后，奋力阻止了半支莲的布阵计划。
在朱元璋的女儿玉凤失散多年后，马皇后一直心系爱女的安危。然而，寻找玉凤的过程却充满了波折。在胡惟庸的误导下，马皇后相信了一位假公主的消息。为了辨认真正的玉凤，朱元璋派刘伯温前往，却不知前路充满凶险。刘伯温在前往的路上，经历了无数考验，最终找回了爱女。
在找回爱女后，朱元璋与马后带着愉悦的心情返回京城，却在途中遭遇了设计的埋伏。马后昏迷不醒，醒来后却患上了“失心疯”，时而疯癫、时而正常。面对这一状况，朱元璋与刘伯温、胡惟庸商讨对策，最终找到了可以治疗马后病症的铁贯道人陶溯。然而，在治疗过程中，刘伯温和朱元璋却陷入了权力斗争的漩涡。
在一系列事件之后，龙飞和凤舞为了继承父亲的遗志，不惜跟随师傅修炼“龙源心法”，成为世间阎罗，使用天条龟壳惩治坏人，引起了大明朝的恐慌。而胡惟庸为了个人私欲，不顾一切争夺龙晶珠和天条龟壳。刘伯温则为了保护龙晶珠和巫毒教的东方玉，以及胡惟庸的养子张成虎，展开了激烈的战斗。
在朱元璋遵守与赵君用将军的约定，照顾赵君用的孩子赵龙飞和赵凤舞的过程中，却引发了龙飞兄妹的误会。在一系列事件之后，龙飞和凤舞为了继承父亲的遗志，不惜跟随师傅修炼“龙源心法”，成为世间阎罗，使用天条龟壳惩治坏人，引起了大明朝的恐慌。而龙飞有一青梅竹马的恋人白云，两人都误以为对方已死，几番转折终于可以在一起的时候，白云的丈夫突然回来……
在这个故事中，刘伯温与阿秀、朱元璋、马皇后等角色交织在一起，经历了一系列的挑战与考验。从奇门遁甲的策略，到七绝阵的对峙，再到九关十八斩的生死较量，他们共同书写了大明王朝的传奇篇章。故事中充满了智谋与情感的交织，展现了人性的光辉与黑暗，揭示了权力与忠诚之间的复杂关系。在这个传奇的旅程中，每个角色都以自己的方式，为维护大明王朝的稳定与繁荣贡献了力量，共同书写了一段不朽的历史篇章。
《神机妙算刘伯温》全剧404集，是台视于2006年8月23日到2008年3月12日期间播出的八点档连续剧，在中国横店影视城取景，其主要角色是明朝开国初期著名的名士、军略家刘伯温。2007年8月21日（含）以前，制作人是蔡英典、郝孝祖，制作单位是宝莱利国际行销有限公司；2007年8月22日（含）以后，由于郝孝祖转而制作三立台湾台八点档连续剧《我一定要成功》，制作人改为俞惟中，制作单位改为笙华国际传播有限公司。