“做cox比例分析和KM曲线结合分析,阈值该怎么选取,数据是否需要标准化等等问题的解决方法”
对基因功能富集结果的展示有很多种展示方法,有人说气泡图展示富集结果不好看,毕竟什么都要看颜值的。而且气泡图展示的信息有限,仅展示一些通路的基本信息,无法显示通路与基因的关系。为了满足审美观,开发了一个小工具——富集分析圈图。绘制出来的图不但能显示感兴趣的基因与通路的关系,关键绘制出来的图形颜值高。
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http://sangerbox.com/Tool 点击“富集分析圈图快速绘制工具”
1.输入数据
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富集分析结果:一共四列,第一列为富集分析term名称,第一列为这个term包含的基因个数,第三列为P值或FDR,第四列为term中包含的基因列表,基因与基因之间一“/”隔开,如下图所示。
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差异基因分析结果:这里去Foldchage最大的前50个基因,取出的基因与做富集时用的基因要一致。注意:这里不一定需要Fold chage,只需要一列是基因,一列对应的有意义的数字即可,如下图所示。
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2.设置参数
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3.展示结果
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