衢州市行政服务中心的组织机构设有多个部门，各有其独特的职能和职责。
首先，办公室作为中心的核心部门，主要负责日常的政务、党务和群团事务的联络工作，包括协调各处室、窗口单位，确保信息的上传下达和对外接待。此外，办公室还承担着文秘宣传任务，定期更新中心工作简报和网站内容，起草各类综合文件资料。公文和印章管理、会务组织、人事、财务、后勤事务、窗口人员考勤考核以及招商引资等工作也由办公室负责。
业务处则专攻行政审批制度改革，负责市审改办的日常工作，确定进驻事项、审核公开内容、修订运行制度，协调审批办证业务，并负责咨询服务和重大项目跟踪服务。他们还负责网上办事大厅的建设和行政审批管理系统的开发，以及依法行政和指导乡镇便民服务大厅的建设。
督查处则承担起监督和检查的重要职责，对办事大厅和分中心的审批办证情况实施督促，确保效率和质量。他们负责执行各项规章制度的检查，进行测评考核，并处理服务对象的投诉和举报。此外，督查处还负责电子监察系统的应用，推动行风建设，确保政务公开透明，并对联审项目进行跟踪督查。
衢州市行政服务中心于2002年4月9日成立，是市政府集中办理行政许可和相关服务事项的场所。集中公开办理以下事项：1、市级权限范围的基本建设、技术改造、房地产开发、外商投资等行政许可事项；2、企业注册登记和企业注册登记相关的前置审批事项；3、房地产登记抵押发证及其它证照；4、“中心”常驻部门行政职责范围内除上述事项以外的其他相关服务事项；5、受理各类投资政策及政府部门现行文件（除国家规定保密的以外）的咨询、查阅、释疑等事项。目前有30个部门进驻。集中办理323项行政许可、相关服务事项。