卫所制为明朝的最主要军事制度，为明太祖所创立，其构想来自于隋唐时代的府兵制。
明洪武十七年（1384年)，在全国的各军事要地，设立军卫。一卫有军队五千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。此法的实行，须有一套能保障军队数目的户借制度配合，来维持卫所制的运行。
军户的主要的义务，便是出一丁男赴卫所当兵，称作正军，其他的子弟称作余丁或军余，正军赴卫所，至少要有一名余丁随行，以助其生活，由于军户负担沉重，故多给有田地，且正军免全部差役，而在营余丁及原籍下的一丁亦可免差役，以保障其生活并供给正军之生活。
军丁的分发地点，多以距离原借地遥远且分散的方式，以防止逃兵，但长途的跋涉加上水土不服，给役卒带来不少痛苦。正军服役于卫所，必须带妻同行，以安定生活并生儿育女，每一军人有房屋、田地，每月有固定的月粮，但实际情形则常分配不足，行军时则发给口粮，衣装则须自备，武器则由国家以工匠生产。军士在营，分成守备和屯田二部分，比例不定，按时轮流，屯田固定上交粮食，以供给守备军及官吏，其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以后，这个目标渐难以达到。
一般正军身死，即以户中壮丁补充，但由于军人生活困苦，逃兵甚多，因此有根补、勾补等方法。根补即抓回逃军，勾补则由其户中以丁补，但此做法在实行上既扰民又扰官，也有军官借此贪污，迫害人民，使乡里间痛苦不堪。军士的逃亡，除生活上的因素外，与其社会位的低落亦有关，明初因需要武力，故较重视军人，其后承平日久，武力不再重要，军人地位就大为降低，加上以罪犯充军，使的军人的形象更为低下。