台风“莲花”给台湾南部地区带来了强劲的风雨影响。尽管台风强度已有所减弱，但其外围环流仍然导致台湾南部地区持续降雨，对交通产生了显著影响。21日和22日，金门、马祖、澎湖之间的两门、两马、泉金航线被迫停航。
“莲花”的登陆也波及了广东东部沿海地区，包括深圳、惠州、汕尾、揭阳、汕头和潮州等六市。为确保安全，20日晚上，15235条渔船已经全部返回港口避风，并且转移了11645名海上作业人员和8206名处于危险区域的人员。福建省防总目前的防台风Ⅲ级应急响应仍未解除，具体解除时间预计至少要到22日以后才能确定。
福建省气象台报告，“莲花”在晋江市东石登陆，中心气压为985百帕，近中心最大风力为9级。预计台风将继续以每小时12公里的速度向偏北方向移动。福建海事局表示，截至21日18时，全省已有162757名渔排养殖人员安全转移上岸。
然而，尽管天气恶劣，仍有不幸事件发生。一名十四岁男童在台北县三芝乡新庄子海边戏水时疑似落海溺水，尽管被消防局救起，但不幸的是已经失去生命，被紧急送往医院。傍晚，基隆也有一名民众落海，所幸被成功救起并送往医院接受治疗。
2009年第3号强热带风暴“莲花”是当年第一个登陆中国内陆的热带风暴，于2009年6月18日下午生成，21日20时30分在福建省晋江市东石镇登陆，23日2时停止编号。