在三峡水库管理区域内进行水工程建设时，需遵循严格的规定。根据第二十六条，建设者需向县级以上水行政主管部门或长江水利委员会申请水工程建设规划同意书，依据规划进行施工。
长江水利委员会与重庆市、湖北省人民政府水行政主管部门合作，编制三峡水库岸线利用管理规划，经过充分讨论后报水利部审批。这个规划需遵循流域综合规划、防洪规划，与河道整治和航道整治规划相协调，以确保岸线资源的有效利用和环境保护。
岸线近水利用线的划定由三峡库区县级以上地方人民政府水行政主管部门与相关部门共同决定，基于批准的岸线利用管理规划。对于河道岸线的利用和建设，必须服从河道整治、航道整治规划以及三峡岸线管理规划，其边界由相关部门报地方人民政府划定。
建设桥梁、码头等设施时，必须符合防洪标准、航运要求等技术规定，并经水行政主管部门或长江水利委员会审查批准。采砂活动则需遵循长江河道采砂管理规定，获取许可证并缴纳相关费用。
三峡水库消落区的利用需考虑防洪和工程安全，同时满足水土保持、水质保护和生态环保需求。在管理范围内，禁止围垦、倾倒垃圾、在陡坡地开垦种植等可能危害水库安全的行为。
所有涉及可能引发水土流失的土石方工程，必须依法编制水土保持方案，并报县级以上人民政府水行政主管部门审批，以确保施工过程中的环保和生态平衡。
2008年11月3日，水利部发布了《三峡水库调度和库区水资源与河道管理办法》（水利部令第35号），自发布之日起施行。该法是落实法律、行政法规赋予水行政主管部门的水行政管理职能的需要，是加强三峡水库管理的需要，是建立和完善流域管理与行政区域管理相结合的水资源管理体制的需要。