（1）经皮肾镜碎石术：经皮肾镜碎石术适用于体积较大的肾结石、铸型结石、肾下盏结石、有远段尿路梗阻的结石以及其他治疗方法（特别是体外冲击波碎石）失败后的结石。最适合经皮肾镜碎石的是身体健康、较瘦、直径大于2厘米的单发结石，位于轻度积水的肾盂中或扩张的肾盂内的结石。对大的铸型结石采用经皮肾镜取石和体外冲击波碎石联合治疗，效果也很好。
经皮肾镜碎石术的禁忌证包括：全身出血性倾向、缺血性心脏疾患、呼吸功能严重不全的患者，过度肥胖、腰肾距离超过20厘米，不便建立经皮肾通道者，高位肾脏伴有脾大或肝大者，肾结核，未纠正的糖尿病，高血压，肾内或肾周急性感染者，严重脊柱后凸畸形等患者均不能做经皮肾镜取石，孤立肾患者不宜进行经皮肾镜碎石。
①超声碎石是利用超声换能器的压电效应将电能转换成声能，再沿着硬性探条传导至顶端，当探条顶端接触到结石时，超声波的高频震动能把结石碾磨成粉末状小碎片或将结石震裂。
②液电碎石是通过放置在水中的电极将储存在电容器中的高压电能在瞬间释放出来，使电能转变为力能，直接将结石击碎。液电的冲击力很强，碎石效果好。
③气压弹道碎石是模仿气锤的作用原理，利用压缩气体产生的能量推动手柄内的子弹体，在弹道内将能量传递到探杆，探杆尖端与结石反复撞击，将结石击碎。
④近年来用于泌尿系统碎石的激光器为最新研制的钬激光。
钬激光是稀有元素钬产生的脉冲式激光，波长2140nm，恰好位于水的吸收范围，峰值功率瞬间可达上千瓦。钬激光可通过直径为320～550um低水含量的石英光导纤维发射激光。通过内镜直抵结石将其粉碎，为多数泌尿系结石首选的体内碎石方法。与气压弹道碎石等体内碎石机相比较，钬激光碎石术的有效率及安全性明显提高，与传统的激光相比，钬激光有明显优势。钬激光除可用于碎石外，还具有切割汽化软组织、凝固止血功效。对于时间长、炎症反应重、已经形成包裹的结石可以先汽化包裹的软组织，再粉碎结石。钬激光可以粉碎包括胱氨酸结石、一水草酸钙结石在内的各种成分结石。
⑤电子动能碎石。电子动能碎石机由主机、手柄和脚踏开关三部分组成，工作原理与气压弹道碎石机极其相似，通过引发小金属探针类似的撞击运动来击碎结石。不同之处是，电子动能碎石是通过手柄中的磁芯按照电磁原理产生的能量形成高速短距离直线运动，来回反弹直接撞击金属探针，产生陡峭的动能冲击波，并通过探头传递到结石，将结石击碎。经皮肾镜碎石成功率高，治疗肾结石可达98.3%，并有痛苦小、创伤小、适应范围广、患者恢复快等优点。
它的主要并发症有术中及术后出血、肾盂穿孔、邻近脏器损伤、感染、肾周积尿等。
（2）化学溶石疗法：包括两个方面，一是通过口服药物的方法来溶解结石；另一个是通过各种途径将导管放到结石近段的尿路（主要是肾盂和膀胱），经过导管注入溶解结石的药物，使药物与结石直接接触来达到溶石的目的。临床上口服药物主要用于治疗尿酸结石和胱氨酸结石。经过导管注入溶解结石的药物主要有Renacidin溶肾石酸素、碳酸氢钠sodiumbicarbonate、EDTA依地酸等。应根据不同结石的理化性质来选择相应的药物，如Renacidin是酸性溶液（pH3.9）可与结石中的钙结合形成枸橼酸钙复合物，主要用于治疗感染性结石；碳酸氢钠和EDTA均为碱性药物，用于治疗尿酸结石和胱氨酸结石。预后：尽管近几年来在尿石症的治疗方面取得了很大的发展，事实上，这些治疗方法往往都是“治标不治本”。尿石治疗后，形成结石的因素并未得到解决。如仍有代谢异常，则会有结石复发。有25%～75%的尿石症患者在随访10～20年的过程中有结石复发，复发率为每年5%～7%，并有50%的患者在10年内有复发。任何治疗如不能使结石的治愈率大于70%（在3年内），就应该认为是无效的。
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