东京车站的地上主体建筑，大致分为站区西侧的丸之内侧站房（丸之内口），与站区东侧的八重洲侧车站大楼（八重洲口），JR的高架轨道与月台区即位于两座主体建筑间的广大腹地，约略呈南北向并排分布。高架轨道与月台区之下，则有位于一楼的三条东西向通路－北通路、中央通路与南通路，于付费区内连结丸之内侧站房、八重洲侧车站大楼与各高架月台；另外，北通路北侧也有位于付费区外，单纯供民众通行于两座主体建筑间的北自由通路。出入口部分，丸之内口与八重洲口又各自分为北口、中央口与南口三个出入口；另外还有位于站区东北侧，设有乘客进出新干线月台专用验票闸门的日本桥口。
丸之内侧站房为文艺复兴式“赤炼瓦”红砖造建筑，除了南、北两侧加上八角状屋顶，以及中央部分加上三角梯形屋顶为三层楼高外，其余部分皆为两层楼高（原本整座站房皆为“完整的”三层楼高，但在第二次世界大战末期遭轰炸毁损后修建为今貌，详见“未来计画”段落）。八重洲侧车站大楼则为地上十二层、地下两层的高楼建筑。 东京车站的地下部分，主要包括位于丸之内侧站房前方（西侧）广场地下第四、五层，呈东北－西南向的JR总武线、横须贺线车站（第四层为穿堂层，第五层为月台层），以及位于地下第二层，呈南北向的东京地下铁丸之内线车站；另外还有位于主要站区南边较远处，锻冶桥通（接近有乐町）地下第三、四层，呈东西向的JR京叶线车站（第三层为穿堂层，第四层为月台层）。
三处地下车站间皆透过位于地下第一层的自由通路，于付费区外相互连结，该自由通路亦与位于一楼北自由通路底下，连结丸之内侧地下车站、八重洲侧车站大楼地下一楼的北地下自由通路（同样位于付费区外），以及大手町一带的地下通路连通；同楼层的JR总武线、横须贺线车站付费区内，也有位于一楼中央通路底下，连结两侧地下付费区的中央地下通路。八重洲侧车站大楼地下一楼付费区外，也与位于车站大楼前方（东侧）广场地下第一层的八重洲地下街相连通。
此外，在高架轨道与月台区之下的一楼付费区内，较接近八重洲侧车站大楼的新干线南转乘口验票闸门南侧，也有同样位于付费区内，长度约500公尺的八重洲（地下）连络通路，连结主要站区与JR京叶线车站；该连络通路还设有一条电动步道，通路两端也都设有电梯和电扶梯。 JR 第1～10、20～23、14～19线轨道
中央线、京滨东北线、山手线、东海道线、各新干线路线
皆配合高架岛式月台（相当于地上二楼高度）供列车停靠，共有10座月台、20线轨道。轨道编号自丸之内侧起算（第1、2、…、10线轨道），第10线轨道东侧直接与第20线轨道相邻，第23线轨道东侧又直接与第14线轨道相邻，整体形成特殊轨道编号方式下的并排。
中央线所使用的第1、2线轨道与一座岛式月台，由于是在原有高架轨道与月台区上“再高架化”而成，所以高度比其他轨道与月台都高（相当于地上三楼高度）；也因此中央线月台与一楼穿堂间，除了月台两端的楼梯外，皆以长型电扶梯连结。
总武地下第1～4线轨道 总武线（包含内房快速列车、外房快速列车、成田特快列车）、横须贺线
配合位于地下第五层的岛式月台供列车停靠，共有2座月台、4线轨道。一楼付费区内，中央通路丸之内端西侧也有楼梯与电扶梯，通往地下第一层的JR总武线、横须贺线车站付费区。前往转乘东京地下铁丸之内线距离较近；于付费区内转乘同为JR路线的京叶线，距离则十分远。
京叶地下第1～4线轨道
京叶线（包含武藏野线直通列车、“若潮（わかしお）”外房特急列车、“涟（さざなみ）”内房特急列车）
配合位于地下第四层的岛式月台供列车停靠，共有2座月台、4线轨道。值得一提的是－京叶线所使用的这两座月台，原本是为了供成田新干线（建设计画已于1987年随着日本国有铁道分割、民营化而失效）使用才兴建的。
地上与地下部分的月台、轨道总数合计为14座月台、28线轨道，都是所有JR车站当中最多的。 （自丸之内侧至八重洲侧，依序列举）
1、2 中央线 新宿、立川、八王子、高尾 方向
1、2 中央线“甲斐路（かいじ）”特急列车 大月、甲府 方向（东京发车，一日四班）
3 京滨东北线（北行） 上野、赤羽、大宫 方向
4 山手线（内环）上野、池袋 方向
5 山手线（外环） 品川、涩谷 方向
6 京滨东北线（南行） 川崎、横滨、矶子、大船 方向
7、8 东海道线 横滨、平冢、热海、伊东、沼津 方向
9、10 东海道线 横滨、平冢、热海、伊东、沼津 方向
9、10 “湘南直达列车（ライナー）”
9、10 “ACTY（アクティー）快速列车” 藤泽、小田原、热海 方向
9、10 “舞娘（踊り子）特急（Super View）列车” 热海、伊东、伊豆急下田、修善寺 方向
9、10 “东海特急（Wide View）列车” 三岛、沼津、静冈 方向
东海道本线（寝台特急、急行列车） 大阪、出云市、高松、大分、熊本 方向
20～23 东北、山形、秋田新干线 宇都宫、仙台、盛冈、八户、山形、新庄、秋田 方向
20～23 上越、长野新干线 高崎、越后汤泽、长冈、新潟、轻井泽、长野 方向
14～19 东海道、山阳新干线 名古屋、新大阪、广岛、博多 方向 总武1 横须贺线 横滨、大船、鎌仓、逗子、横须贺、久里滨 方向
总武2 总武本线“潮骚（しおさい）”特急列车 成东、佐原、铫子 方向
总武2 成田线“菖蒲（あやめ）”特急列车 成东、佐原、铫子 方向
总武3、4 总武线（快速） 船桥、千叶、佐仓、成田机场、木更津、上总一之宫 方向
总武3、4 “成田特快”机场特急列车 成田机场 方向 京叶1～4 京叶线 舞滨、海滨幕张、苏我 方向
京叶1～4 武藏野线（快速）直通列车 新浦安、西船桥、府中本町 方向
京叶1～4 内房、外房线“涟”“若潮”特急列车 大原、胜浦、馆山、安房鸭川、千仓 方向 丸之内线的岛式月台位于地下第二层，共有1座月台、2线轨道。
1 丸之内线 银座、新宿、荻洼 方向
2 丸之内线 池袋 方向
