在缺乏公司明确规章制度和重大损失界定的情况下，员工给公司造成经济损失的赔偿问题主要由劳动仲裁机构根据具体情况进行裁决。首先，关于员工的工资，尽管存在损失，但法律义务仍需履行，员工有权获得其应得的工资，并且在某些情况下，他们可能有权要求延期支付的赔偿作为额外补偿。
其次，关于经济损失的认定，劳动仲裁会根据所有相关证据进行评估。如果证实确实有经济损失，那么赔偿金额的确定将由仲裁机构决定，这与工资支付是两个独立的法律事项。换句话说，员工的工资是基于雇佣关系的法定支付，而赔偿则是因损失产生的额外责任。
总结来说，员工的权益和赔偿问题需要在法律框架内，通过详细的证据和仲裁程序来处理，确保公正和合理。工资和赔偿的划分明确，各自独立，取决于具体情况和法律裁决。