华支睾吸虫病主要流行于亚洲地区，包括中国、日本、朝鲜、越南和东南亚国家。我国除青海、宁夏、内蒙古和西藏等地区尚未有报道外，其余25个省、市、自治区都有不同程度的感染。据1988年至1992年的数据显示，全国平均感染率为0.365%，广东省的感染率最高，达到1.824%。此病为人与动物共患疾病，估计动物的感染范围更为广泛。
病原的流行不仅需要第一、第二中间宿主及终宿主的适宜条件，还与当地的饮食习惯密切相关。感染源包括病人、感染者、携带感染的家畜和野生动物，其中猫、狗和猪是主要的保虫宿主。实验研究显示，鼠类、貂、狐狸、野猫、獾、水獭等也可能成为保虫宿主。实验室条件下，多种哺乳动物，如豚鼠、家兔等，也能感染华支睾吸虫，这增加了人群感染的风险。
传播途径主要依赖于含有虫卵的粪便进入水源，当地居民生吃或半生吃淡水鱼虾的习俗是关键因素。华支睾吸虫的第一中间宿主主要是纹沼螺、赤豆螺等淡水螺类，这些螺类的感染率会随季节变化。例如，四川安岳县的调查显示，5月至10月华支睾吸虫的感染率较高，而11月至3月几乎为零，这与水温和施肥活动有关。在螺体内，华支睾吸虫通常停留在尾蚴阶段，但在特殊环境下，可能发育成囊蚴。
第二中间宿主的选择性较弱，淡水鱼包括鲤科、鲫鱼等种类广泛，其中养殖鱼类如草鱼、青鱼等对流行病学影响较大。小型野生鱼类如麦穗鱼、克氏鲦鱼感染率高，与儿童感染有关。在某些地区，这些鱼类的囊蚴感染率甚至高达100%。烹饪不当，如不彻底煮熟鱼肉，仍可能导致感染。
易感人群普遍，无论性别、年龄或种族。感染的关键在于生吃或半生吃鱼的习惯。研究显示，高温能有效杀死囊蚴，但在日常烹饪中，如烹饪温度不足或时间不够，仍可能留下感染隐患。成人多通过食用生鱼片感染，儿童则可能因野外未熟食鱼虾而感染。此外，不当的食品处理方式也可能导致感染。
中华支睾吸虫Clonorchis sinensis (Cobbold, 1875) Looss, 1907,简称华支睾吸虫，又称肝吸虫（liver fluke），华肝蛭。成虫寄生于人体的肝胆管内，可引起华支睾吸虫病（Clonorchiasis），又称肝吸虫病。本虫于1874年首次在加尔各答一华侨的胆管内发现，1908年才在我国证实该病存在。1975年在我国湖北江陵西汉古尸粪便中发现本虫虫卵，继之又在该县战国楚墓古尸见该虫卵，从而证明华支睾吸虫病在我国至少已有2300年以上历史。