绍兴市的防汛防台抗旱工作由各级政府和相关部门紧密协作，确保安全。市政府设立防汛防旱指挥部（市防指），由市政府分管副市长担任指挥，其他重要部门如绍兴军分区、市水利局、武警部队等负责人组成，负责全市的组织、指挥和协调工作。市防指下设办公室，负责日常管理和预案编制等工作。
市防指的主要职责包括组织防汛防台抗旱知识宣传、预案编制与实施、洪水调度和抗旱应急供水决策，以及汛情、旱情的会商和信息发布。各成员单位如水利局负责水工程安全管理和洪水调度，军分区和武警部队参与抢险救灾，教育局确保学校安全，公安局维护秩序并处理相关犯罪，民政局负责灾害救助和物资管理等。
县级政府也设立防汛防旱指挥部，由政府和相关部门负责人组成，负责本地区的防汛防台抗旱工作。乡镇政府设有防汛防旱指挥机构，负责执行上级指令和预案，确保基层的防汛防台工作顺利进行。
整个体系强调信息共享、资源整合和协调联动，确保在面对汛情、旱情时能够快速响应，有效应对，最大程度减少灾害损失。每个机构都有明确的职责分工，共同守护绍兴市的防灾减灾防线。
依据《中华人民共和国突发事件应对法》《中华人民共和国水法》《中华人民共和国防洪法》《中华人民共和国防汛条例》《中华人民共和国抗旱条例》《浙江省防汛防台抗旱条例》《浙江省水资源管理条例》《浙江省防御洪涝台灾害人员避险转移办法》等法律法规和，制定《绍兴市防汛防台抗旱应急预案》。该《预案》于2009年9月1日由绍兴市人民政府办公室以绍政办发〔2009〕145号印发。《预案》分总则、组织指挥体系及职责、事件分级、预防和预警机制、应急响应行动、灾后处置、应急保障、附则8部分。