东南大学能源与环境学院提供了一系列丰富多元的本科专业设置，以满足不同领域对高级工程技术和管理人才的需求。
首先，热能与动力工程专业设有三个专业方向：电厂热能动力及其自动化、制冷与低温技术以及新能源与新发电技术。在二年级末，学生可根据个人兴趣和教师指导选择其中一个方向深入学习。电厂热能动力方向旨在培养电力工业的高级工程师和管理者，具备研究、设计和运营管理能力。制冷与低温技术方向则注重培养制冷设备设计和技术管理人才。新能源与新发电技术方向则聚焦于新型绿色能源的研究与开发，致力于输送新能源利用领域的高级人才。
其次，建筑环境与设备工程专业关注人居环境工程，涵盖了供热通风、空气品质控制、建筑给排水等专业知识，培养公共设施规划、设计和管理的专家，同时也鼓励创新研究和技术开发。该专业旨在为建筑环境领域输送高级工程和技术人才。
环境工程专业则聚焦于环境监测、规划和管理，学生将具备处理水、气、固体废弃物和噪声污染等工程治理的能力，以及水资源保护和给排水规划的设计能力。这个专业旨在为环保管理和环境监测部门培养高级技术和管理人才。
最后，核工程及核技术专业致力于培养具有宽厚基础的复合型人才，涉及核能工程、核电站运行以及核技术应用等多个领域。毕业生在国家核能相关部门的需求大，就业前景广阔，可在核电站、科研机构、政府部门和外资企业等多个领域找到适合的职位。
能源与环境学院是由东南大学原动力工程系和环境工程系发展而来，设置有热能工程系、动力工程系、环境科学与工程系、能源信息与自动化系、制冷与人工环境系5个系，下属有电厂热能动力工程、工程热物理、热能工程、生产过程自动化、热工基础、环境工程、制冷及低温工程7个本科专业。培养对象涵盖本科、硕士、博士、博士后等多个层次。