洞口县交通局的内设机构包括多个部门，各个部门承担着不同的职责：
办公室: 负责协调日常行政工作，编写重要文件，管理值班、文秘、政务信息、督办、机要、保密、信访、档案、后勤行政管理和接待事务。
法规股: 主管法律、法规实施，交通法制宣传，行政复议，执法监督，行业调研，交通行政执法管理，精神文明建设和执法队伍建设，以及公路、水路治理“三乱”工作，处理行政诉讼案件。
公路工程股: 负责全县交通基础设施建设的监管，制定发展规划，技术标准，维护市场秩序，审批项目，负责公路、航道养护和大型项目实施，监督工程质量与造价。
计划财务股: 指导交通行业财务会计，资产管理，交通投资和融资，规费管理，行政事业收费审批，网络管理和内部审计等工作。
运输科技股: 管理公路、水路运输及其相关市场，制定发展规划，政策规章，参与运输业户资格审查，指导运输服务价格，管理汽车综合性能检测和驾驶员培训，监督企业管理工作，推动科技项目和成果推广。
安全股: 负责行业安全指导和企业安全生产监管，执行安全法律、制度，参与事故调查处理，负责机关安全与消防管理。
政工股: 负责干部人事、劳动工资、计划生育、机构编制等内部管理工作，管理直属单位的领导及人事事务，指导教育工作，负责交通科教专项资金和出国（境）人员政审，以及老干工作。