对于手足口病患儿的手有接触粪便、疱疹液或呼吸道分泌物的，应及时用流动清水及洗手液或皂液按正确方法洗手，不能选用单剂酒精作为手的消毒剂，而应选用复配手消毒剂或者选择含氯手消毒剂使用。
幼儿较合理的六步洗手方法是：湿、搓、冲、捧、甩、擦。
一、湿
在水龙头下把手淋湿，擦上肥皂或洗手液。
二、搓
手心、手背、指缝相对搓揉20秒。
1、掌心相对，手指并拢相互摩擦；
2、手心对手背沿指缝相互擦搓，交换进行；
3、掌心相对，双手交叉沿指缝相互摩擦；
4、一手握另一手大拇指旋转搓擦，交换进行；
5、弯曲各手指关节，在另一手掌心旋转搓擦，交换进行；
6、指尖并拢，在另一手掌心旋转搓擦，交换进行；
7、搓洗手腕，交换进行。
三、冲
用清水把手冲洗干净。
四、捧
用手捧清水将水龙头冲洗干净，再关闭水龙头。
五、甩
双手五指自然下垂，在水池里甩上三甩，防止手上的水滴在地上。
六、擦
用干净的毛巾/纸巾擦干。
6
手足口病患儿使用后的便器用含有效氯1000mg/L消毒剂溶液浸泡30分钟，坐便器表面用含有效氯500mg/L消毒剂溶液擦拭消毒，作用30分钟，必要时用清水冲洗或擦拭干净。
7
孩子手足口病后，为了及时观察宝宝体温，家中的体温计应一人一用一消毒，可用含有效氯500mg/L消毒剂溶液浸泡30分钟，清水冲洗干净后备用。
另外对于非一次性器械、器具、物品可用含有效氯500mg/L消毒剂溶液消毒，可浸泡消毒的非一次性器械应浸泡30分钟，无法浸泡的非一次性器械可擦拭消毒。
8
可使用各种氧化剂，如：高锰酸钾、漂白粉等，甲醛、碘酒进行杀灭病毒。
引起手足口病的肠道病毒，对某些药物具有抗性，一般来说我们常用的75％酒精，5％来苏对肠道病毒没有消灭作用，另外普通消毒剂乙醇、乙醚，甲酚皂液等对手足口病也都通通无效。
但手足口病却对紫外线及干燥敏感，可使用各种氧化剂(高锰酸钾、漂白粉等)、甲醛、碘酒、0.1mol/L盐酸及0.3%甲醛进行灭活，并且病毒在60℃左右即可被迅速灭活。