淮南市政务服务中心按照其职能划分设有三个主要内设机构：
首先，是办公室，主要职责包括处理中心日常政务和事务，负责内外联系和活动的组织，公文处理、印章管理、会议准备、宣传报道、车辆管理、后勤保障（如办公用品采购、设备维护等）、人事财务管理和员工考勤考核，以及领导交办的其他任务。
其次，业务处负责指导服务窗口的业务操作，监督重大项目行政审批代办，协调联审联办会，参与服务内容和程序的修订，提供面向社会的业务咨询，参与政策规定起草，管理电子政务和计算机网络设备，参与政风评议和绩效考核，执行领导交办的其他任务。
最后，督查处主要职责是监督审批事项执行情况，核查收退件和办结时间，统计归档相关工作，确保各项制度执行，监督例会和重大事项的落实，进行窗口和员工的考核奖惩，处理工作人员调整和投诉，以及完成领导交付的其他职责。
淮南市政务服务中心是淮南市委、市政府为了推进行政审批制度改革，改善经济发展环境，加强政风建设，提高行政效率而于二00一年五月设立的一个行政派出机构。“中心”主要职能是组织、协调、监督全市涉企、涉民的行政性审批、收费项目和证照的办理工作。