高山筋骨草展现出独特的形态特征。它的花序呈现出轮伞样式，通常在枝条的顶端形成，每簇由2到3个花轮组成，每个花轮内有两朵花。这些花梗长度在2至4毫米之间，表面覆盖着柔长的毛发。花萼呈钟形，长度约为7毫米，有10条脉络，边缘有5个卵状三角形的齿，它们的长度约为花萼的一半，边缘有细密的毛。花冠的颜色以淡紫色或紫蓝色为主，有时会有紫色斑点或条纹，花冠管长度约为花萼的两倍，在接近基部的地方有毛环。花冠的上唇短而直立，微凹的顶端尤为显眼，下唇较大，中间裂片像扇形，顶端同样微凹，两侧裂片则是线状长圆形。雄蕊位于花冠筒的近喉部，花丝挺直，表面略微带有微柔毛。子房部分光滑无毛，花盘裂片不明显，前方可见一个与子房裂片大小相近的蜜腺。高山筋骨草的果实是倒卵状三棱形的，背部布满网状皱纹，合生面延伸到腹面的一半。它的开花期在5月至8月，而果实成熟期则在7月至9月之间。
多年生草本，矮小，具短匍匐茎，长约10厘米，主茎高约6厘米，被长柔毛，以嫩枝上尤多。叶片坚纸质，略厚，椭圆形或卵状椭圆形，长2—2.4厘米，宽1.2—3.3厘米，顶端钝或几圆形，基部楔形或下延，边缘具不整齐数粗圆齿，两面被疏柔毛或密被长柔毛，通常带紫红色；柄长1—2厘米，有时具狭翅，被长柔毛。 产于丽江（模式标本产地）等地，海拔2500—4800米的高山碎石缝中或疏林下。我国四川（木里）亦产。 产四川西南部，云南西北部及西藏东南部；生于高山碎石缝中或疏林下，海拔2500—4800米。模式标本采自云南丽江。