根据上述职责，市人力资源和社会保障局设16个内设机构，均为正股级建制。
（一）办公室（信息科）
综合协调局内重要政务、事务。负责机关文电、会务、文秘、宣传、机要、档案、安全保密、行政后勤、信息（政务）公开等工作；负责人大代表建议、政协委员提案的办理工作；拟订全市人力资源和社会保障事业发展中长期规划和年度计划并组织实施，牵头拟订人力资源和社会保障专项规划和年度计划。
负责全市人力资源和社会保障信息化建设和管理工作；负责本系统局域网的建设、维护和管理以及“中国昆山”政府门户网站、市综合信息网有关栏目的维护和信息提供工作；负责局电子政务应用系统及安全保障系统的开发、维护和管理；组织局信息资源的开发、利用和管理工作；参与人力资源和社会保障统计工作。
（二）组织人事科
负责本局及所属单位的机构编制、人事管理和干部管理等工作；负责所属事业单位工资总额管理、职称管理、人事档案管理工作；负责局党委理论中心组学习和党委民主生活会相关服务工作；负责本局及所属单位人员的工资福利、社会保障、招聘和出国（境）人员选派审查及手续办理等工作；负责本局及所属单位的离退休人员工作。
（三）政策法规与信访科（行政服务科）
拟订全市人力资源和社会保障政策；负责人力资源和社会保障相关政策动态的收集和综合研究工作；协调专家咨询工作；承担本局除工伤保险外的行政复议、行政应诉和相关法律事务工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；负责人力资源和社会保障法规、规章和规范性文件的汇编工作；负责处理群众来信、来电、来访和网上信访工作以及上级转办、交办、督办等信访工作；负责局行政许可服务等事项；负责本部门驻行政服务中心窗口的运行管理工作；指导局相关学会、协会等社团工作。
（四）财务与基金监督科
负责组织编制全市社会保险基金预决算草案，监督实施全市社会保险基金预算；组织协调规划人力资源和社会保障重大项目的立项审批、实施调度和项目管理；负责全市人力资源和社会保障统计工作；承担编制本部门预决算草案工作，负责本局的财务、资产管理工作，负责本局财政性支出项目的绩效评价；负责拟订社会保险基金监督制度，参与拟订全市社会保障资金（基金）财务管理制度；负责建立并管理社会保险基金监督信息和举报系统，受理投诉举报并组织查处重大案件。
（五）就业促进与市场管理科（失业保险科、农民工工作办公室）
拟订全市促进城乡统筹就业的发展规划和年度计划；拟订促进就业、鼓励创业的政策；牵头拟订高校毕业生就业促进政策；拟订全市就业援助和特殊群体统筹就业的政策；拟订国（境）外人员（不含专家）来本市就业管理办法；参与拟订就业专项资金使用管理办法；拟订全市人力资源市场发展政策和规划；指导和监督对全市人力资源中介机构的管理，负责政策性安置人员安排和职工跨地区调配工作；拟订失业保险政策、规划和失业保险基金管理办法；拟订预防和控制较大规模失业的政策；承担市就业促进工作领导小组办公室的日常工作。
拟订全市农民工工作综合性政策和规划、市农民工工作领导小组年度工作要点并组织实施；推动农民工相关政策的落实，协调解决重点难点问题；组织开展农民工工作宣传报导和优秀农民工的表彰奖励；协调做好农民工培训工作；组织协调农民工统计工作，指导协调农民工工作信息建设；参与全市流动人口社会治安综合治理相关工作；承担市农民工工作领导小组办公室的日常工作。
（六）人才开发与管理科（引进国外智力工作办公室、外国专家局）
负责全市人才开发的调研、分析、预测和规划工作；负责拟订全市人才开发政策；参与拟订全市人才引进、培养政策和计划；负责全市紧缺高层次人才的引进和培养；指导全市社会培训机构开展紧缺人才培训；协助有关部门开展人才教育培训工作；具体负责全市人才开发重大活动的策划、组织和实施工作；负责全市人才开发社会化推进工作；负责全市人事年报统计工作；承担市人才工作领导小组办公室交办的其他工作。
综合管理全市引进国外智力和外国专家工作，承担全市优秀外国专家表彰奖励工作，会同有关部门开展留学回国人员表彰工作；负责指导全市留学人员创业园的建设和管理工作，负责留学回国人员创新创业有关经费资助工作；负责全市引进国外技术、管理人才的项目审核和申报工作；按规定承担全市出国（境）培训有关管理工作；负责全市派往国际组织职员的考试、选拔和协调工作；负责外国专家来华工作许可和外国专家证的委托办理；承办全市非教育系统公派出国留学相关手续；负责全市留学人员科技活动择优资助工作。
负责政府资助政策的落实工作；负责各类优秀人才服务工作。
（七）公务员管理科
负责副科级以下公务员录用、任免、调任、转任、辞职、辞退等工作；指导全市副科级以下公务员竞争上岗工作；负责全市事业单位人员参照《公务员法》管理的审核申报工作；承办市政府提请市人大任免人员及市政府直接任免人员的行政任免事项；承担国家、省、市特殊人才选派和国家政策性安置人员安排等工作；会同有关部门编制全市公务员、参照《公务员法》管理事业单位工作人员考试录用计划并组织实施；负责机关副科级以下公务员、参照《公务员法》管理事业单位工作人员年度考核管理工作；综合管理公务员奖励和表彰工作；承办公务员荣誉称号的评选、表彰工作；组织优秀公务员休假、疗养活动；拟订全市公务员培训和在职教育规划；组织落实公务员行为规范、职业道德建设和能力建设的政策规定；组织实施公务员纪律惩戒、申诉控告等制度；负责全市副科级以下人员因公出（国）境政审工作；负责中层干部队伍建设日常管理。
（八）事业单位人事管理科
综合管理全市事业单位人事制度改革和人事管理工作，参与事业单位分类改革、科教文卫等行业体制改革工作；指导、协调全市事业单位推行人员聘用制度工作；拟订事业单位人员公开招聘、培训等政策；会同有关部门组织实施事业单位岗位设置管理工作；审核全市事业单位年度考核管理工作；负责办理事业单位人员变动手续；会同有关部门做好事业单位公益性岗位人员的聘用及日常管理工作。
（九）职业能力建设科（市工人技术考核委员会办公室）
拟订全市城乡劳动者职业能力建设政策和发展规划；拟订高技能人才、农村实用人才队伍建设发展规划和培养、评价、表彰、激励等政策，负责全市职工职业技能竞赛和技能型人才表彰工作；组织指导实施全市高技能人才培养示范基地和公共实训基地建设；拟订全市技工院校以及职业培训机构的发展规划、政策和管理规则，拟订全市职业培训机构管理办法并指导实施，负责市属民办职业技能培训学校设立审批和管理；综合管理全市技工院校教育教学、招生等工作；组织实施全市国家职业资格证书制度、职业技能国家标准；拟订全市职业技能鉴定政策措施，审批职业技能鉴定机构；负责全市机关企事业单位工人技术等级的定级、考核和晋升工作以及专业证书班培训实施工作；协同实施全市公务员和事业单位人员培训和在职教育；协同实施专业技术人员继续教育工作；承担市工人技术考核委员会办公室的日常工作。
（十）专业技术人员管理科
负责全市有突出贡献专家、享受政府特殊津贴专家的选拔和管理工作，组织实施优秀专业技术人才表彰工作，建设和管理高级专家信息库，完善和加强专家联系服务制度；负责全市高级专家延期退休的审批工作；负责全市博士后科研工作站、博士后技术创新中心的申报和管理工作；拟订全市专业技术人员综合管理和队伍建设发展规划和分类分级管理办法并组织实施；负责全市职称工作和专业技术资格评定工作，参与全市事业单位专业技术岗位设置工作；指导推行全市专业技术职务聘任制度、专业技术职业资格制度工作；负责编制全市学术技术带头人培养计划；指导、协调和监督全市专业技术资格考试工作；承担市专业技术人员职称工作领导小组办公室的日常工作。
（十一）军官转业安置科
贯彻执行上级下达本市的安置计划并组织实施；负责做好全市转业军官教育培训工作；协调全市转业军官社会保障和转业军官配偶接收安置、子女入托入学等工作；按照上级自主择业转业军官配套政策，做好全市自主择业转业军官的管理服务工作；负责做好全市企业军转干部解困和稳定工作，负责办理军队转业干部的信访及有关事项；承担市军队转业干部安置工作领导小组办公室的日常工作。
（十二）工资福利科
拟订全市机关、事业单位工资收入分配、福利和离退休人员待遇政策并组织实施；承担全市机关、事业单位工资福利日常管理工作；根据国家、省政策规定，办理全市机关、事业单位退休、退职、退养和丧葬费、抚恤金的审批工作；拟订全市机关、事业单位工资统一发放办法并组织实施；参与全市机关、事业单位有关社会保险政策的制定；指导企业职工工资收入分配宏观调控、行业工资收入调节和企业工资决定机制改革；拟订企业最低工资指导线、行业人工成本信息指导制度等政策。
（十三）社会保险科
负责拟订全市机关企事业单位基本养老保险政策；完善全市企业职工离退休政策，按上级规定拟订全市基本养老金调整办法；拟订全市参保人员死亡遗属待遇和非因工伤残职工待遇政策及给付标准；依照规定对基本养老保险待遇项目和给付标准实行监督；负责企业职工基本养老保险缴费年限的认定和退休审批工作；拟订全市基本养老保险基金预测预警制度；拟订退休人员社会化管理服务事业的发展规划和政策。
负责拟订全市医疗保险、生育保险政策和全市医疗保险、生育保险支付标准和调整办法；参与拟订医疗救助政策和医疗救助支付标准和调整办法；组织拟订全市定点医疗机构、定点零售药店服务管理及结算办法；拟订全市医疗保险、生育保险药品、诊疗项目和医疗服务设施的支付范围及标准；拟订全市机关企事业单位补充医疗保险、离休干部医疗费统筹管理办法。
拟订农村养老保险和被征地农民社会保障的政策、规划和标准；组织拟订农村养老保险和被征地农民基本生活保障制度与其他社会保险制度转移接续办法；会同有关方面拟订全市农村社会保险基金和被征地农民基本生活保障资金筹集和管理办法以及相关配套政策。
（十四）工伤保险科
拟订全市工伤保险和工伤预防的政策规定；依法承担全市机关企事业单位人员的工伤认定工作；贯彻实施国家劳动能力鉴定标准，组织实施全市工伤职工和非因工伤残人员的劳动能力鉴定工作；承担工伤保险行政复议、行政诉讼和相关法律事务工作；拟订全市工伤职工定期伤残待遇调整的标准；组织拟订全市工伤定点医疗机构、工伤康复机构、工伤辅助器具配置机构的管理办法。
（十五）劳动关系与监察科
拟订全市劳动关系与监察工作体系的综合规划；拟订全市劳动保障监察工作制度、劳动关系政策和年度工作计划；依法查处和督办全市重大劳动保障违法案件，组织处理有关突发事件；承担对上级委托或指定管理的部、省属用人单位依法实施劳动保障监察；拟订劳动保障监察员及劳动保障监察协理员管理和业务培训规划；指导和监督企业产业结构调整时依法做好职工安置工作；拟订全市劳动合同备案制度和劳动合同签订规范；拟订全市集体合同审查、企业经济性裁员、劳务派遣等管理办法，并指导用人单位规范劳动用工管理；负责拟订特殊工时审批操作规范；负责实施消除非法使用童工政策和女工、未成年工特殊劳动保护政策；负责全市劳动保障诚信建设和有重大影响的劳动保障违法案件的社会公布工作；协调全市用人单位和劳动者的依法维权工作；负责对用人单位劳动用工方面的法律法规培训，指导用人单位依法用工；承担劳动保障监察统计工作，编制劳动保障监察年度报告。
（十六）调解仲裁管理科
统筹拟订全市劳动人事争议调解仲裁规则、程序、制度并组织实施；指导全市劳动人事争议预防、调解和处理工作；指导全市劳动人事争议实体机构和基层工作网络建设；指导全市劳动人事争议调解员、仲裁员队伍建设；依法指导并组织处理重大劳动人事争议案件；承担调解仲裁统计分析工作；会同相关部门指导全市企事业单位、行业、区域劳动调解组织和人民调解组织的建设和协调工作；承担市劳动人事争议仲裁委员会办公室的日常工作。
另按有关规定设置纪委、监察审计室（合署办公）。
