热拉雍仲林寺，布局独特，坐南朝北，其主体建筑为杜康大殿，占地面积800余平方米，拥有64根柱子，四周分布着佛殿、经堂、藏经殿和法器库等设施，分为上下两层，显得庄重宏大。东侧的“通卓拉康”意为“看到就能解脱”，占地80平方米，内供奉的铜质鎏金度母强玛、金刚杵普巴佛、苯教祖师顿巴辛饶以及高达12米的胜利佛和两位寺庙创建人的镀金铜像。其中，最大的绛衮·达瓦坚赞灵塔经过修复，高约5米，殿内壁画以他为主题，四周绘有苯教祖师辛饶的画像。在通卓拉康东侧，有一个40平方米的殿内，存放着来自阿坝藏族自治州的千尊辛饶祖师镀金塑像，而在寺庙北侧，90平方米的拉让是堪布的居所，悬挂着辛饶和密宗本尊的唐卡，设有堪布宝座。西北侧的卓康（修行殿）占地40平方米，供奉着护法神像和绛衮·达瓦坚赞的小灵塔，塔内藏有其手、脚及法器。
从杜康大殿拾阶而上，是环绕的垂廊，分别有僧人的修行室、内库（法器珍藏地）、佛堂和印经版藏室。东北侧的通追拉康是另一重要殿堂，意为“见”与“解脱”，僧人会在此敬圣水。殿内原有5座灵塔，仅修复了江衮·达哇坚赞塔，高达5米，镶嵌了2公斤黄金，以及一对银灯和曼荼罗。殿内壁画描绘了江衮·达哇坚赞和苯教祖师的千佛像。东侧的灵塔殿在文革中受损，现已修复，包括江衮·达哇坚赞的灵塔，四川阿坝州赠送了千尊镀金泥塑佛像。在拉让（活佛宫室）中，住持设有法座，内有顿巴辛饶、本尊和菩萨的唐卡。
寺院西北的竹康修行殿面积40多平方米，主要供奉护法神像和达哇坚赞的铜镀金小灵塔，塔内珍藏有其遗物。整个寺内的万字纹象征苯教的“雍仲”，与金刚杵寓意相同，代表着坚固不变的精神，建筑和法器上均可见到这一特征。
热拉雍仲林寺是西藏苯教重要寺庙之一，始建于公元7世纪藏王松赞干布执政时期，但在公元8世纪藏王朗达玛执政时期被毁。藏历十四绕迥马年（公元1834年），苯教怙主达瓦坚赞征得十世达赖喇嘛和八世班禅喇嘛及摄政王达察·丹白贡布同意修复该寺。