化州市畜牧兽医渔业局设有多个内设机构，各司其职，确保部门工作的高效运行。
首先，办公室主要负责机关政务协调，包括会议组织、文秘、信息工作。他们参与发展规划、年度计划和管理方案的拟定，协助处理局领导日常事务，负责文书档案管理、接待、房产维修等行政事务，以及后勤保障工作。此外，还承担局领导交办的其他职责。
在人事管理方面，人事股负责组织人事调配、档案管理，包括干部考察、任免、奖惩、劳资统计等工作，退休人员管理、党务、纪检和宣传教育等也由他们负责，同时涵盖工会、青年、妇女和计划生育等事务。
兽医股主要负责动物防疫、检疫和兽医卫生监督，制定防疫计划并执行国家相关政策，对一类传染病的防控有专门措施。他们还负责兽医人员的培训、考核和许可证发放，以及兽药执法监督和管理。
畜牧股关注良种引进和种畜禽管理工作，提供技术指导，制定并实施畜牧业发展计划，推动产业结构调整和畜产品质量提升。他们还负责畜牧业科研、教育和技术推广，以及相关统计和报表上报。
水产股则专注于水产养殖业的规划、技术推广和基地建设，负责养殖业结构调整和水产品质量改善，同时进行养殖技术和信息的培训和咨询。
最后，计财股负责财务预算编制和管理，包括经费预算、财务管理、工资福利发放、养老保险监督，以及资金使用监督和培训财务人员。