明朝的版图确实是元、明、清三朝之中最小的，而且缺失了内蒙和新疆一角。明朝版图最大时是在明成祖朱棣时代，除了有囊括传统的汉地十三省，还有乌斯藏都司、奴儿干都司、三宣六慰等少数民族羁縻地区。
（淡红色为羁縻区域，云南外围也有）
明朝的版图是由“汉地十三省＋少数民族羁縻地区＋军事卫所”构成的，这种构成有先天性的不足，比如朝廷对少数民族羁縻地区无法征税和普查人口；朝廷对军事卫所的控制也会一代一代减弱，而军事卫所也在明末出现了严重的兵员逃走、吃空饷的现象，所以明末的版图已经收缩为狭小汉地，约为350万平方公里左右，与其鼎盛时期的997万平方公里可谓相去甚远。
第一、传统的汉地（两京十三省）
明朝所控制的主要地区，也是国家的根基、主要赋税和兵役来源，北直隶、南直隶、山东、山西、河南、陕西、四川、湖广、江西、浙江、广东、广西、云南、贵州、福建。
第二、册封少数民族首领的羁縻地区
明朝在西藏设置乌斯藏都司，继承自元朝的“宣政院辖区”；在东北设置奴儿干都司，继承自元朝的“辽阳行省”；在缅甸设置“三宣六慰”，继承自元朝的“缅中行省”。都是采取“因地制宜”、“以夷治夷”的策略，册封少数民族领袖管理当地，听调不听宣，明朝只保有名义上的统治，不介入实际性管理。
在明朝前期，因为国力强盛，还能维持对这些羁縻地区的控制。等到明中期、晚期以后，朝廷对这些羁縻地区的统治已经有名无实。三宣六慰被缅甸东吁王朝吞并，东北地区被女真族各部所控制，西藏地区被漠西蒙古控制。
（明末形势图）
第三、军事卫所
明朝在全国设置了大量的军事卫所，其中比较有名的是关西七卫，也就是长城嘉峪关以西的七个大卫所，大概包括今天的甘肃西北、青海北、新疆东。由于各种原因，明朝始终未能恢复汉唐时期的西域（新疆）地区，最远也只延伸到新疆哈密一带。
元朝灭亡后，西北的部分蒙古贵族归顺明朝，明朝在西北先后册封了7个蒙古族首领，世袭罔替，镇守西北边陲，也就是安定卫、阿端卫、曲先卫、罕东卫、沙州卫、赤斤卫、哈密卫，因为它们的位置全部在嘉峪关以西，所以合称为关西七卫。
明世宗嘉靖年间以后，关西七卫全部被吐鲁番汗国所吞并，明朝不得不紧闭嘉峪关，防御西北。至此，直到明朝灭亡，西北边境再也没有超出过嘉峪关。
（教科书用图，明宣宗朱瞻基宣德8年）
到了明朝后期，除了汉地以外这些地区全部丧失了，只剩下传统的汉地。明朝虽然继承自元朝的版图，但是没有取得元朝的漠北地区。据史料记载，明朝版图最大时东到朝鲜半岛，西过青藏高原，南至越南沿海，北至阴山地区。根据推测，明朝版图最大时约为997万平方公里。
不过，由于明朝未能完成改土归流，所以对西藏、青海、黑龙江等地的控制力较弱，仅仅是册封了少数民族首领或者设置军事卫所。到了明朝后期，这些地区已经有名无实。
教科书选用的明朝版图是明宣宗朱瞻基宣德八年的形势，这一年之后明朝废弃了奴儿干都司，导致对东北地区的控制力较弱，最后退到辽东一隅据守。
明成祖朱棣舍弃大宁卫，南迁东胜卫，明宣宗朱瞻基将开平卫南迁到独石，明世宗朱厚熜放弃哈密卫与河套地区。
在明成祖时期，明朝还能派宦官到黑龙江流域、库页岛册封少数民族首领，可是到了明末天启、崇祯年间便只能控制辽东一带的，东北其他地区已经只剩下零星的军事卫所。由于明朝的保守政策，在明朝中期以后就不再开疆拓土，之后版图逐渐收缩，至明末便仅剩汉地350万平方公里左右的土地。