济源市农业局内部设有多个职能机构，以支持其全面的农业发展和管理工作。以下是主要的七个部门及其职责：
办公室: 负责文档处理、会议组织、机要事务、档案管理、安全与计划生育、后勤事务，以及政务信息处理、督查、保密、信访、新闻发布和政务公开。同时，处理重大突发事件的应急管理工作，并制定和执行机关内部规章制度。
人事政工科: 管理局机关和下属单位的人事、党群、编制和退休干部事务，负责职称评审、农业职业技能开发、人才资格管理以及人事统计工作。负责出国、出境人员的审查。
计划财务科: 制定农业发展战略、规划，编制年度计划，提出财政、信贷和保险政策建议，管理预算并监督财务工作。指导监督下属单位的财务和国有资产管理工作。
农业科: 负责种植业政策、规划，指导结构调整和标准化生产，负责耕地管理和节水农业，发布农情信息，组织抗灾救灾等工作，以及农作物遗传资源保护和植物检疫。
综合与法制科: 负责大宗农产品市场体系规划，提出政策建议，负责农业综合统计，品牌培育，协调菜篮子工程，制定农业经济结构调整规划，负责农业法制建设和执法监督。
科技教育科: 推动农业科技创新和成果转化，负责农业技能培训，植物新品种保护，农业资源管理和农业信息服务，指导农业教育。
农民负担监督管理办公室: 提出农村基本经营制度的政策建议，管理农民专业合作组织，负责土地承包与流转，调解仲裁土地承包纠纷，指导农村资产和财务管理，监督农民负担工作，参与农村综合改革。