上虞市卫生局内部设有多个关键部门，以确保高效运作和提供优质服务。
首先是办公室（兼监察室），扮演着决策支持和日常事务处理的角色。他们负责起草全局卫生规划、计划和文件，协助领导进行综合性调研、指导和监督，负责机关会议组织、文电处理、机要保密等工作。此外，他们还负责精神文明建设、平安综治、安全生产、工会活动以及卫生信息宣传，同时处理人大和政协建议提案的办理工作，并对党员干部执行政策进行监督。
人事科则协助党委加强市直医疗机构的党建工作，负责卫生系统干部队伍建设、人员调动及考核等工作，包括医疗机构的编制管理、人员录用等事务。
计划财务科与办公室合作，制定卫生事业发展计划，实施经济政策和财务管理规范。他们参与医疗保险改革，负责预算、决算工作，监督全市医疗机构的财务，审核大型装备计划，并负责卫生统计和机关财务工作。
医政科（兼中医科）负责医疗政策、服务质量监管，包括执业资格管理、医疗质量评价、农村卫生和社区服务指导，以及中医药事业的规划和监管。
公共卫生管理科（市爱国卫生运动委员会办公室）主要负责卫生监督、疾病防治和爱国卫生工作，制定规划并组织相关活动，监督公共卫生服务项目的实施。
行政许可科负责医疗执业许可、医疗机构设置许可等关键事项的审批，确保行业规范执行。
食品安全协调监察科则承担食品安全的综合协调工作，制定标准、监测预警，并处理重大食品安全事故。
上虞市卫生局是主管全市卫生工作的上虞市人民政府政府工作部门，市卫生局内设7个职能科室（规格均为正股级）。单位地址位于上虞市市民大道987号。