冯祖荀是中国现代数学的早期代表人物之一。1880年生于浙江杭县（今杭州市）。1902年考入京师大学堂师范馆。在学期间，被选出洋留学。根据1898年中日政府间签订的中国向日本派遣留学生的协议，管学大臣张百熙于1904年1月8日奏请派京师大学堂学生出洋留学，奏折中称：“计自开学以来，将及一载，臣等随时体察，益觉资遣学生出洋之举，万不可缓。诚以教育初基，必从培养教员入手，而大学堂教习，尤当储之于早，以资任用。”折中所载京师大学堂速成科“31人派赴日本游学”，即列有冯祖荀之名。1904年，冯祖荀入日本京都第一高等学校（相当于高中）就读，后转至京都帝国大学理学部研读数学。在日本留学期间，冯祖荀和当时由北京赴日留学的若干学生发起成立了“北京大学留日学生编译社”，该社“以讲求实学输入文明供政界之研究增国民之知识为宗旨”，选择编译的题材“亦必以纯正精确可适用于中国为主”。该社出版《学海》杂志，于1908年发刊，总发行所为上海商务印书馆。该刊分甲乙两编，乙编涉及理工农医各科，首期首篇即是冯祖荀译的《物质及以脱论》（原著为英国W。W。R。博尔（Ball）所写的《Matterandether》），《学海》是我国最早的科技译刊之一，对在我国传播现代科学知识功不可没。
1911年以后，冯祖荀多次担任北京大学数学系主任，对在中国传播现代数学知识有重要贡献。
辛亥革命前后，中国研习现代数学而稍有成就者为数甚少，现知者还有秦汾（1909年获美国哈佛大学数学天文硕士学位）、郑之蕃（1910年获美国康乃尔大学学士学位）、王仁辅（1913年获哈佛大学学士学位）和胡浚济等。辛亥革命后京师大学堂更名为北京大学。1912年10月，冯祖荀即到该校任理科教授。至迟到1913年，北京大学开设数学门（相当于现在的“系”），冯祖荀是该系的主要教授。此后，他和秦汾、王仁辅、胡浚济、江泽涵等为建设北京大学数学系做出了杰出贡献（1934年前冯祖荀多次担任该系系主任），初步探索出一套中国现代大学数学系的办学模式，课程设置亦逐渐完善。1917年，北京大学数学门（1919年北京大学正式改门为系，并沿用至今）的主要课程有：解析几何（立体）、微积分、物理与物理实验、化学与化学实验、函数论、微分方程与调和函数、近世代数、近世几何、理论物理、群论、数论、线几何学、数学史和外语。至20年代末，又陆续增设了天文学、高等平面曲线、微分几何、积分方程、集合论、变分法、无穷级数、椭圆函数及椭圆模函数。冯祖荀擅长分析学方面的学科，在1924—1925年度课表所列由冯祖荀讲授的课程有：集合论、积分方程式论及微分方程式论、无穷级数论、变分法、椭圆函数及椭圆模函数论等。冯祖荀对讲课的要求很高，选用的教材很深。如三年级的微分方程课，选用D．希尔伯特（Hilbert）和R．库朗（Courant）合著的《数学物理方程》原版书作教材。在集合论课上，他介绍1914年出版的F．豪斯多夫（Hausdorff）著的《集合论》。他的教学方式崇尚德国一派，讲得颇深，习题布置很多，但对学生做不做并不严格追究。在繁忙的教学之外，冯祖荀也作了一些学术研究。1919年1月《北京大学月刊》创刊号上有他的文章《以图象研究三次方程之根之性质》。1930年国立北京大学《自然科学季刊》2卷1期发表了他的《论模替换式之母》。此外，冯祖荀还撰写过《柯西（Cauchy）氏积分公式之新证法》等论文。
冯祖荀对于学生的学术活动一直给予积极支持。1918年北京大学学生成立“数理学会”，并出版《数理杂志》；北京高等师范学校（简称北京高师，1923年改名为北京师范大学校）亦成立了类似的组织，出版期刊。冯祖荀曾在北京高师的《数理杂志》上连载长篇著述《微分方程式论》，对推动我国早期微分方程的学习与研究起了积极的作用。他还多次作通俗的学术报告，启发学生的求知欲。
冯祖荀对提携后学尽心尽力，他培养傅种孙的事迹传为美谈。冯祖荀曾兼任北京高师数学系主任多年。傅种孙于1917年入该校攻读数学，颇显才华，毕业后到北京高师的附中任教。1921年冯祖荀为集中精力于北京大学的工作，想培养傅种孙主持北京高师数学系，于是把他调回数学系，一年后傅种孙升任讲师。后冯祖荀又举荐他到北京大学兼课，终使傅种孙在1928年升任北京师范大学数学系教授，后成为我国著名的数学教育家。
到20世纪30年代，中国的现代数学已有了长足的发展。北京大学数学系亦有较大进步。1931年江泽涵到北京大学任教后，协助冯祖荀大力促进教学改革和国际学术交流，数学系先后邀请德国的E．施佩纳（Sperner）和美国的W．F．奥斯古德（Osgood）来系任教授，并邀请德国的W．布拉施克（B1aschke）和美国的G．D．伯克霍夫（Birkhoff）来校讲学，活跃了学术空气。这一时期的北京大学数学系还培养出一些优秀学生，后来成名者有樊?、王湘浩、王寿仁、张禾瑞等。在这一形势下，成立数学家自己的全国性学术组织的条件渐趋成熟。1929年，由冯祖荀和张贻惠（物理学家）发起成立了中国数理学会；其成立宣言称：“……深知欲促中国科学进步，非从事提倡基本科学不可。故由南北各大学数学及物理学界同仁发起中国数理学会，一面联络全国数理学家，一面从事于新学说之传播与探讨。”此后，成立单独的数学会的呼声渐高。由上海的胡敦复、朱公瑾和顾澄等发起和筹备，中国数学会终于1935年在上海成立，冯祖荀被选为9名董事之一。冯祖荀还曾担任以张学良为校长的东北大学的数学系主任。
抗日战争时期，北京大学南迁昆明，与清华大学、南开大学组成西南联合大学。冯祖荀因健康原因滞留北京，曾在日军占领期间设在北平的“北京大学”任教，其间曾协助将北京大学数学系的学籍档案转移至昆明。1940（1941？）年冯祖荀病逝。抗日战争胜利后，北京大学返京，1947年由校方出面为冯祖荀重新安葬。墓址在八大处福田公墓内，墓碑由胡适之题写，上书“冯汉叔先生墓”。樊?于1993年重修冯祖荀墓，碑文由苏步青题写。
