1956年初，冯叔瑜受铁道部工程总局委派和正在中国帮助推广应用大爆破技术的前苏联专家A·И·齐齐金（Цицигин）一起参加了鹰厦、宝成、川黔、都贵等新建铁路线上的大爆破设计施工。在此期间，对许多工程实例进行了完整总结，技术上有所升华。1962年率领由铁道部组织的全路科研、学校和设计施工单位40余人，对10条新建铁路线路的大爆破边坡进行了160多处工点的现场调查和分析研究，认为根据我国铁路路堑的特点，爆破设计必须充分考虑工点的工程地质条件和保证开挖成形的高陡边坡的完整性和稳定性，以免给今后的铁路运营带来后患。
1958年，冯叔瑜奉令调入铁道部科学研究院铁道建筑研究所，着手建立施工研究室，重点研究铁路路基土石方的施工技术和机械化问题。同年11月铁道部科学研究院根据国家科委指示和中国科学院力学研究所、水利科学研究院土建所、长沙矿冶研究所以及北京工业学院等单位，组建三峡工程水利大组下的爆破组，李泮明、分任正副组长，冯叔瑜任秘书。爆破组成立后，重点研究定向爆破筑坝、开发爆破器材新品种。1959年至1962年，在水利电力部系统的东川口、石廓溪、故县和南水等处，进行了十八座定向爆破筑坝的试验研究。
1964-1967年承担西南三线建设的成昆铁路指挥部成立爆破战斗组，冯叔瑜任组长。这是国家科委组织的多学科跨部门的新技术战斗组之一，主要任务是在贵昆和成昆两条新建铁路全线推广大爆破和深孔爆破，先后爆破了70多处重点石方工程。同时着手改装当年国产的YQ-150和YQ-100 型潜孔钻机，使之适用于铁路施工流动性大、行走轻便灵活的特殊需要。
1971年，冯叔瑜参加了攀枝花钢铁公司的狮子山万吨级炸药的大爆破工程。1971-1972年，参加了黄浦港航道开挖疏浚的水下爆破和科研观测工作。
1973年在冯叔瑜指导下，铁道部科学研究院参加了由铁道部第三工程局主持的在邯长线东戍车站进行的石方机械化施工的深孔爆破试验研究，这是铁路建设中第一次采用深孔爆破配合施工机械的机械化施工范例。为此，铁道部基建总局召开了推广这一新技术的全路现场示范会。此后，深孔爆破、光面爆破、预裂爆破新技术在全路有了较大的发展。
1972年，冯叔瑜代表铁道部主持与日本大成公司的技术交流会，受到日本推销TN炸药（一种城市爆破用的低威力炸药）控制爆破的启发而想到：我国城市、工厂和铁路线路的改建和改造，应用控制爆破很有必要，但在爆破技术上可以采用控制炮孔装药量的办法，以达到控制爆破的目的，而不需要使用日本的特殊炸药。并在1976年以后和他的同事们一起逐步研究发展了适用于我国国情的控制爆破技术。
1981年，在党中央“改革开放”政策的指导下，他意识到科研工作要密切结合生产，一方面可以在生产实践中锻炼和培养干部；另一方面还可以利用生产所得的收入，补助科研费用的不足。为此，积极倡仪组建以科技力量为主体的爆破公司，并在院领导的支持下，于1984年正式成立北京爆破联合工程公司，并出任第一任总经理。
冯叔瑜一生热爱祖国，追求进步，悉心致力于工程爆破技术的研究、应用和人才培养。40年来，他身体力行，足迹遍及全国各地，参加了国内许多重大爆破工程的设计及技术指导工作，受到国内爆破界同行的尊敬。冯叔瑜热心学会工作，在组建中国力学学会工程爆破专业委员会和中国工程爆破协会，组织全国爆破界的合作和学术交流方面，作出了显著的、不可磨灭的成绩。
