南方医科大学在学科建设上取得了显著成就，形成了四大优势学科群：理工医结合、中西医结合、生物高技术和公共卫生与预防医学。
理工医结合学科群以中国工程院院士和“973”项目首席科学家为核心，是中国医学图像学会的理事长单位，主编《中国医学物理学》和《中国临床解剖学》等核心期刊。设有解放军医学图像重点实验室和大型医疗设备质量保证检测中心，是医疗仪器国家军队标准的制定者。生物医学工程学科实力强劲，2002年教育部评估中排名中国第八，科研能力位列第三。
中西医结合学科群独具特色，南方医科大学是华南地区唯一同时拥有西医和中医药学院的医科大学，拥有两个博士一级学科和三个国家级重点学科，是中医药研究的重要基地。该学科在中医中药领域成果显著，国家自然基金项目位居全国中医药大学第四。
生物高技术学科群拥有科学院院士和“973”项目首席科学家，专注于医学前沿研究，如鼻咽癌分子机制、基因治疗等，是国家五大生物芯片研究中心之一。
公共卫生与预防医学学科是博士学位授权一级学科，是解放军的重点建设学科，承担突发公共卫生事件应急和救护任务，以及国际维和部队医疗队的培训工作。学科底蕴深厚，曾参与国家“两弹一星”和“三防”医学攻关，拥有国内一流的公共卫生研究实验室，如数字化人体热气候仿真室和P3实验室。
在SARS期间，该学科群发挥了关键作用，为流行病调研和心理治疗提供支持，还承担了首例SARS患者尸体解剖的工作。这些成就展示了南方医科大学在不同学科领域的强大实力和科研实力。
南方医科大学前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为中国重点大学，2004年被批准为中国8所试办八年制医学教育的高等院校之一，2004年8月按照国务院、中央军委下达的命令，整体移交广东省，更名为南方医科大学。现有校本部、顺德校区2个校区，占地面积176.68万平方米，建筑面积84.67万平方米。面向全国31个省、自治区、直辖市及港澳地区招生。